More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0228 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
123 aa  254  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  91.38 
 
 
134 aa  215  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  91.38 
 
 
120 aa  215  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  49.57 
 
 
143 aa  105  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  47.27 
 
 
318 aa  104  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  44 
 
 
304 aa  98.2  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  43.93 
 
 
306 aa  97.8  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
301 aa  97.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
301 aa  97.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  42.59 
 
 
272 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  42.59 
 
 
297 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
301 aa  97.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  45.45 
 
 
305 aa  95.5  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 
306 aa  94.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 
306 aa  94.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 
306 aa  94.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  41.74 
 
 
304 aa  93.6  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  44.04 
 
 
126 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  42.34 
 
 
296 aa  91.3  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
302 aa  91.3  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  38.33 
 
 
308 aa  90.9  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 
299 aa  90.9  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 
302 aa  91.3  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  38.33 
 
 
306 aa  90.9  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  38.33 
 
 
308 aa  90.9  5e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 
180 aa  89  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  43.52 
 
 
301 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 
294 aa  88.2  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 
300 aa  87.8  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 
384 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 
300 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 
127 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
316 aa  85.1  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  39.84 
 
 
306 aa  84.3  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 
305 aa  82.8  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 
302 aa  81.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  40.2 
 
 
292 aa  81.3  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  43.18 
 
 
223 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 
266 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  44.71 
 
 
293 aa  79.7  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  40.37 
 
 
298 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 
336 aa  79.7  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  43.37 
 
 
306 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  36.13 
 
 
202 aa  78.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  33.61 
 
 
304 aa  77.4  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 
291 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  42.7 
 
 
97 aa  77  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  35.4 
 
 
291 aa  76.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  43.27 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 
327 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  42.59 
 
 
160 aa  76.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
250 aa  74.7  0.0000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 
209 aa  74.3  0.0000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  41.49 
 
 
278 aa  74.3  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  39.6 
 
 
346 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 
287 aa  73.6  0.0000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  39.29 
 
 
250 aa  73.6  0.0000000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  39.39 
 
 
294 aa  73.2  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  36.19 
 
 
293 aa  73.6  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  37.3 
 
 
133 aa  72.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 
316 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 
287 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 
312 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 
188 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 
250 aa  72  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 
279 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 
204 aa  72  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 
291 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  42.53 
 
 
291 aa  72  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 
271 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 
112 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  33.33 
 
 
270 aa  71.6  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 
319 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 
312 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 
316 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 
274 aa  70.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 
307 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  35.04 
 
 
322 aa  70.9  0.000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
281 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  36.96 
 
 
291 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 
277 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
281 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 
353 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  43.24 
 
 
270 aa  70.5  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  41.77 
 
 
278 aa  70.1  0.000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 
306 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 
306 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 
278 aa  69.7  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5999  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 
179 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 
311 aa  69.3  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5781  AraC family transcriptional regulator  34.86 
 
 
267 aa  69.7  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273852 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  39.53 
 
 
276 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  38.95 
 
 
324 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  38.82 
 
 
366 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
196 aa  69.3  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  32.65 
 
 
284 aa  69.3  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 
273 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
293 aa  68.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 
268 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 
303 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>