More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0236 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  100 
 
 
277 aa  570  1.0000000000000001e-162  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  74.44 
 
 
275 aa  422  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  72.22 
 
 
275 aa  412  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  68.71 
 
 
278 aa  402  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  65.79 
 
 
278 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  64.93 
 
 
279 aa  379  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  65.04 
 
 
278 aa  379  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  65.41 
 
 
278 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  65.04 
 
 
278 aa  374  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  65.41 
 
 
278 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  64.66 
 
 
278 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  64.81 
 
 
312 aa  369  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  64.66 
 
 
278 aa  368  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  64.66 
 
 
271 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  64.66 
 
 
278 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  50.93 
 
 
277 aa  295  6e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  51.65 
 
 
280 aa  295  7e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  51.12 
 
 
278 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  48.88 
 
 
278 aa  258  6e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3613  transcriptional regulator, AraC family  47.96 
 
 
278 aa  240  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.522508  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  44.36 
 
 
274 aa  236  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 
281 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 
278 aa  197  1.0000000000000001e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 
281 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  42.54 
 
 
284 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 
277 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  41.79 
 
 
284 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 
279 aa  189  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  39.63 
 
 
277 aa  188  7e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 
276 aa  178  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 
276 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  36.13 
 
 
276 aa  175  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  38.34 
 
 
264 aa  173  2.9999999999999996e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  39.27 
 
 
355 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 
275 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 
300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 
300 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 
303 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  34.94 
 
 
285 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  38.18 
 
 
283 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 
306 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 
306 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 
306 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  32.6 
 
 
284 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  34.75 
 
 
278 aa  154  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 
273 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 
299 aa  148  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1791  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  34.11 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2317  AraC family transcriptional regulator  34.88 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  35.83 
 
 
281 aa  145  5e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4319  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 
259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.15706 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  32.17 
 
 
283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4209  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 
275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0776695  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 
290 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  31.02 
 
 
432 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 
290 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 
275 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 
432 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  31.97 
 
 
275 aa  138  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 
432 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 
432 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 
276 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 
432 aa  138  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 
274 aa  135  9e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 
277 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 
268 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 
313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 
288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 
276 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  32.95 
 
 
278 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 
276 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.59 
 
 
273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0617  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 
273 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0294699 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 
266 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 
276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  32.42 
 
 
268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 
280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 
280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 
280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 
279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 
278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 
280 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2430  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3265  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60832  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 
276 aa  125  6e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  28.23 
 
 
280 aa  125  7e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 
275 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  29.62 
 
 
265 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 
264 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 
300 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
285 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  31.27 
 
 
266 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 
285 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3564  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 
264 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5480  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 
264 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.280485 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4803  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 
264 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>