More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4452 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
275 aa  552  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4288  transcriptional regulator, AraC family  66.67 
 
 
273 aa  334  7e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.170174 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0617  AraC family transcriptional regulator  67.27 
 
 
273 aa  332  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0294699 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0040  transcriptional regulator, AraC family  47.46 
 
 
268 aa  236  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451948  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  48.34 
 
 
268 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  48.34 
 
 
268 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  46.59 
 
 
266 aa  228  7e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0007  AraC family transcriptional regulator  47.21 
 
 
272 aa  225  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4209  transcriptional regulator, AraC family  50.37 
 
 
275 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0776695  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  46.86 
 
 
269 aa  221  8e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4319  transcriptional regulator, AraC family  50.19 
 
 
259 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.15706 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  45.69 
 
 
275 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0321  transcriptional regulator, AraC family  50.56 
 
 
264 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141392  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  46.67 
 
 
264 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2371  AraC family transcriptional regulator  49.25 
 
 
263 aa  209  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0360277  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  45.11 
 
 
274 aa  206  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3564  AraC family transcriptional regulator  49.63 
 
 
264 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5480  AraC family transcriptional regulator  49.63 
 
 
264 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.280485 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4803  AraC family transcriptional regulator  49.63 
 
 
264 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4705  AraC family transcriptional regulator  46.47 
 
 
264 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.974796  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  45.72 
 
 
264 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0901  AraC family transcriptional regulator  47.6 
 
 
264 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2143  AraC family transcriptional regulator  49.45 
 
 
266 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0635753  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1126  AraC family transcriptional regulator  49.45 
 
 
266 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0931  AraC family transcriptional regulator  49.45 
 
 
266 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.846737  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0228  AraC family transcriptional regulator  49.45 
 
 
266 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1568  AraC family transcriptional regulator  49.45 
 
 
266 aa  189  4e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0287073  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2007  AraC family transcriptional regulator  49.45 
 
 
266 aa  189  5e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1986  AraC family transcriptional regulator  49.45 
 
 
266 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5726  transcriptional regulator, AraC family  41.06 
 
 
286 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 
278 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  34.22 
 
 
279 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 
278 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  36.33 
 
 
278 aa  146  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  36.33 
 
 
278 aa  145  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 
278 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 
278 aa  142  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 
278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 
278 aa  140  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 
271 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 
312 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  31.03 
 
 
275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  31.65 
 
 
275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.88 
 
 
277 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  33.82 
 
 
278 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 
277 aa  122  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 
278 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  27.92 
 
 
278 aa  121  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 
274 aa  120  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 
285 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 
278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 
311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  32.23 
 
 
279 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  32.44 
 
 
278 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  34.33 
 
 
269 aa  117  3e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 
273 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 
277 aa  116  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 
303 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 
280 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2911  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 
277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 
280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 
277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 
278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 
278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 
281 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 
276 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0320  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 
281 aa  113  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.996721  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 
278 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  29.93 
 
 
281 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 
280 aa  112  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 
288 aa  112  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 
276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 
270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 
279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  32 
 
 
284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.86 
 
 
273 aa  110  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  34.9 
 
 
283 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
355 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  31.13 
 
 
271 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  32.83 
 
 
264 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 
277 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 
276 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1551  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 
281 aa  109  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 
279 aa  109  6e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 
274 aa  109  6e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  30.08 
 
 
271 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 
281 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0279  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 
282 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.431722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1460  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 
282 aa  108  1e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0886  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 
316 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0312  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 
284 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00105398  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 
276 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2585  AraC family transcription regulator  29.17 
 
 
284 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429451  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1657  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 
284 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.441347  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  30.98 
 
 
297 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 
273 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>