More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1393 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 277 aa  573  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1791  transcriptional regulator, AraC family  93.86 
 
 		 277 aa  503  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  67.65 
 
 		 275 aa  388  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  65.82 
 
 		 274 aa  380  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  58.46 
 
 		 275 aa  323  2e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 277 aa  169  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  36.57 
 
 		 275 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  35.71 
 
 		 275 aa  162  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 278 aa  161  9e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 279 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 278 aa  159  4e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 279 aa  159  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 278 aa  159  5e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 277 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 278 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 278 aa  157  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  33.84 
 
 		 271 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 278 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 278 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  33.83 
 
 		 280 aa  156  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 275 aa  155  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 277 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 278 aa  151  8.999999999999999e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 284 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 276 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  36.1 
 
 		 284 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  35.21 
 
 		 276 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  31.25 
 
 		 278 aa  149  5e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  34.7 
 
 		 284 aa  146  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 276 aa  145  9e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3613  transcriptional regulator, AraC family  35.61 
 
 		 278 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.522508  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  142  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 303 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 280 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  35.83 
 
 		 264 aa  135  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 280 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 280 aa  135  8e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 274 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 277 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 276 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  32.83 
 
 		 278 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 276 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 276 aa  132  6e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 285 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 288 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 279 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 355 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 303 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 278 aa  128  9.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  32.66 
 
 		 265 aa  126  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  33.46 
 
 		 266 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1262  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 279 aa  124  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  29.01 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 276 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 266 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 270 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  30.19 
 
 		 271 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  29.84 
 
 		 278 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2430  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3265  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 276 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60832  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 273 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 270 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  32 
 
 		 270 aa  118  7.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0320  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 281 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.996721  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  33.46 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  32.44 
 
 		 264 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2024  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 281 aa  113  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 280 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 290 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 290 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2075  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 278 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32450  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 271 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.469508 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  27.6 
 
 		 432 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3671  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 432 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>