More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1137 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 270 aa  556  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  60.82 
 
 		 300 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1262  AraC family transcriptional regulator  61.13 
 
 		 290 aa  332  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2024  AraC family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 274 aa  331  9e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  62.31 
 
 		 271 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 270 aa  329  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32450  AraC family transcriptional regulator  63.22 
 
 		 271 aa  325  6e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.469508 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2072  AraC family transcriptional regulator  60.16 
 
 		 274 aa  323  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3671  AraC family transcriptional regulator  59.77 
 
 		 274 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6409  AraC family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 258 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586073  normal  0.525784 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6121  AraC family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 289 aa  255  6e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0621  AraC family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 278 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.378205  hitchhiker  0.00472777 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2449  AraC family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 284 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0886  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 316 aa  211  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0312  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 284 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00105398  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2585  AraC family transcription regulator  41.7 
 
 		 284 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429451  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1657  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 284 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.441347  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  46.99 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  45.6 
 
 		 288 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0279  AraC family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 282 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.431722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1460  AraC family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 282 aa  207  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0576  AraC family transcriptional regulator  43.5 
 
 		 284 aa  201  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5531  AraC family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 264 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0733  AraC family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 275 aa  189  5e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.629568 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 279 aa  161  9e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 278 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 278 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 281 aa  152  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0320  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 281 aa  150  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.996721  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2430  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3265  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60832  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3068  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 276 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 300 aa  142  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2075  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 273 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 285 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 285 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 285 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 276 aa  135  8e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0066  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  35.71 
 
 		 281 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 274 aa  132  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  28.85 
 
 		 280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 276 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 277 aa  123  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4939  AraC family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4421  AraC family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 286 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.707997  hitchhiker  0.00308382 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 279 aa  119  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 278 aa  118  9e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  29.06 
 
 		 275 aa  117  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 270 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 278 aa  116  5e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  32.94 
 
 		 284 aa  115  6e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  28.35 
 
 		 275 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  31.64 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  30.92 
 
 		 432 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 432 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 432 aa  112  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 432 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 432 aa  112  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 275 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1791  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 275 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 278 aa  109  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 277 aa  109  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 279 aa  109  6e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 300 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 266 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5726  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 286 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  32.77 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2631  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 282 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 271 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 306 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 306 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 277 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 276 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 276 aa  103  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  31.64 
 
 		 284 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>