More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1801 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  579  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  64.13 
 
 		 275 aa  369  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  55.6 
 
 		 279 aa  310  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  54.01 
 
 		 273 aa  293  3e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 280 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  53.82 
 
 		 280 aa  292  4e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 280 aa  292  4e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 280 aa  292  4e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  53.28 
 
 		 276 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  53.28 
 
 		 276 aa  288  6e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  53.28 
 
 		 276 aa  288  6e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  52.92 
 
 		 276 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1551  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 275 aa  179  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0639275  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  36.73 
 
 		 270 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 270 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 279 aa  156  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  33.58 
 
 		 265 aa  150  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 281 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 281 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 277 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  33.46 
 
 		 284 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 284 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 275 aa  139  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 303 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 276 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 276 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  32.48 
 
 		 277 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 278 aa  132  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 278 aa  132  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  31.94 
 
 		 280 aa  129  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 		 283 aa  129  6e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 278 aa  129  7.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 278 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  29.82 
 
 		 284 aa  126  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 278 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 278 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 278 aa  125  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  33.33 
 
 		 275 aa  124  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 271 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 281 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 267 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 290 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  29.56 
 
 		 432 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 290 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  29.74 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 432 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 432 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 432 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 432 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 271 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  27.44 
 
 		 274 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 279 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 277 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  28.25 
 
 		 274 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 277 aa  115  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 273 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  31.66 
 
 		 275 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 266 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  31.32 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  28.78 
 
 		 278 aa  114  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  27.34 
 
 		 281 aa  113  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 275 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2631  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 282 aa  112  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2317  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 284 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1791  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 312 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5531  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 275 aa  108  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 278 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 270 aa  108  9.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  28.79 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 285 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 277 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 282 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3068  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 276 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 275 aa  105  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>