More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2075 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2075  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 278 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2430  AraC family transcriptional regulator  95.65 
 
 		 276 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3265  AraC family transcriptional regulator  95.65 
 
 		 276 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60832  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3068  AraC family transcriptional regulator  85.51 
 
 		 276 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  74.82 
 
 		 278 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  69.06 
 
 		 279 aa  390  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  64.03 
 
 		 278 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  64.03 
 
 		 278 aa  362  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0320  AraC family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 281 aa  333  2e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.996721  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  57.09 
 
 		 281 aa  330  2e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  50.73 
 
 		 300 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 285 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 285 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  50.73 
 
 		 285 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4939  AraC family transcriptional regulator  51.46 
 
 		 286 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4421  AraC family transcriptional regulator  51.09 
 
 		 286 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.707997  hitchhiker  0.00308382 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  50.18 
 
 		 281 aa  247  2e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0066  AraC family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 290 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  39.77 
 
 		 271 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 270 aa  166  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  39.7 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 288 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  35.88 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32450  AraC family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.469508 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 284 aa  152  7e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1262  AraC family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 290 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  36.54 
 
 		 284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 284 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  34.24 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  34.66 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 276 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  31.66 
 
 		 275 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 277 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 281 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3671  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 274 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 281 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2072  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 274 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  30.27 
 
 		 275 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 275 aa  135  9e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 277 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2585  AraC family transcription regulator  30.71 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429451  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1657  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 284 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.441347  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0312  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 284 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00105398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2449  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0886  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0279  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.431722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1460  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 282 aa  132  5e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2024  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 274 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  30.11 
 
 		 280 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 272 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  34.75 
 
 		 283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 277 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 279 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 279 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  27.84 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0576  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 284 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5531  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 276 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  30.2 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  30.35 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 274 aa  126  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  35.41 
 
 		 264 aa  125  6e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  31.54 
 
 		 277 aa  125  8.000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2631  transcriptional regulator, AraC family  34.42 
 
 		 282 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 278 aa  123  4e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 278 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 278 aa  122  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 278 aa  122  8e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 277 aa  122  9e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  32.48 
 
 		 270 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 278 aa  121  9.999999999999999e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6409  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 258 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586073  normal  0.525784 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 278 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 278 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 278 aa  120  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6121  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 289 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 275 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 271 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 355 aa  118  9e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 278 aa  118  9e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2317  AraC family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 277 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 275 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 278 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 268 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 266 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 266 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0621  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.378205  hitchhiker  0.00472777 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0733  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.629568 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 279 aa  113  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>