More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2072 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2072  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 274 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3671  AraC family transcriptional regulator  98.54 
 
 		 274 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2024  AraC family transcriptional regulator  87.23 
 
 		 274 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  64.12 
 
 		 271 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32450  AraC family transcriptional regulator  65.65 
 
 		 271 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.469508 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  62.74 
 
 		 270 aa  327  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  60.16 
 
 		 270 aa  323  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  58.56 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1262  AraC family transcriptional regulator  61.8 
 
 		 290 aa  321  8e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6409  AraC family transcriptional regulator  49.8 
 
 		 258 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586073  normal  0.525784 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6121  AraC family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 289 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0279  AraC family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 282 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.431722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1460  AraC family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 282 aa  225  6e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2585  AraC family transcription regulator  44.36 
 
 		 284 aa  224  8e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429451  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0312  AraC family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 284 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00105398  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1657  AraC family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 284 aa  224  9e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.441347  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2449  AraC family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 284 aa  224  1e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0886  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 316 aa  221  8e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0576  AraC family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 284 aa  218  6e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5531  AraC family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 264 aa  209  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0621  AraC family transcriptional regulator  46.74 
 
 		 278 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.378205  hitchhiker  0.00472777 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0733  AraC family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 275 aa  188  8e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.629568 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 288 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  39.69 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 279 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 276 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0320  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 281 aa  132  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.996721  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  35.97 
 
 		 281 aa  132  9e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2430  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3068  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 276 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3265  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 276 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60832  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  32.33 
 
 		 281 aa  129  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2075  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 278 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  37.22 
 
 		 278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0066  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 278 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 273 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 276 aa  116  5e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 285 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 275 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 276 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4202  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 276 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 278 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 285 aa  109  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 271 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4939  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 286 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4421  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 286 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.707997  hitchhiker  0.00308382 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 278 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 278 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  30.19 
 
 		 283 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 277 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  27.8 
 
 		 275 aa  103  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 275 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 312 aa  103  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 303 aa  102  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 277 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  29.5 
 
 		 284 aa  102  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  28.19 
 
 		 432 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 432 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 432 aa  101  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 432 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 432 aa  101  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  26.07 
 
 		 275 aa  100  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 277 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 281 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  23.91 
 
 		 280 aa  99.4  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 281 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 299 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 283 aa  99  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 277 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  26.36 
 
 		 278 aa  98.6  9e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 264 aa  98.2  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 277 aa  96.7  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2631  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 282 aa  96.7  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 269 aa  96.3  5e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 278 aa  96.3  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  30.95 
 
 		 274 aa  95.9  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1791  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 277 aa  95.1  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 280 aa  92.4  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 270 aa  92.4  7e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>