More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6409 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6409  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 258 aa  532  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.586073  normal  0.525784 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6121  AraC family transcriptional regulator  98.45 
 
 		 289 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  54.25 
 
 		 271 aa  265  7e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  50.58 
 
 		 270 aa  261  6e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1262  AraC family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 290 aa  260  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  51.2 
 
 		 270 aa  260  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 300 aa  258  8e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2024  AraC family transcriptional regulator  49.8 
 
 		 274 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3671  AraC family transcriptional regulator  50.2 
 
 		 274 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2072  AraC family transcriptional regulator  49.8 
 
 		 274 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  0.796434 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32450  AraC family transcriptional regulator  53.44 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.288191  normal  0.469508 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2449  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 284 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0886  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 316 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0312  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 284 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00105398  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1657  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 284 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.441347  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2585  AraC family transcription regulator  41.15 
 
 		 284 aa  222  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429451  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0279  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 282 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.431722  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1460  AraC family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 282 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0576  AraC family transcriptional regulator  42.69 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5531  AraC family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 264 aa  204  9e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  42.17 
 
 		 288 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0621  AraC family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 278 aa  188  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.378205  hitchhiker  0.00472777 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0733  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 275 aa  187  1e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.629568 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  41.37 
 
 		 303 aa  175  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 279 aa  135  7.000000000000001e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6117  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.939175  normal  0.0684426 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  35.34 
 
 		 278 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 278 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0719  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 		 281 aa  125  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 275 aa  122  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0320  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.996721  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  33.74 
 
 		 281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 275 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0066  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 290 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 274 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  27.56 
 
 		 278 aa  116  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 269 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2631  transcriptional regulator, AraC family  35.6 
 
 		 282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 300 aa  115  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3068  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 276 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 274 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2430  AraC family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 276 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3265  AraC family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 276 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60832  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0040  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 268 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451948  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 285 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 268 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 273 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 276 aa  109  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 277 aa  109  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2075  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 278 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  25 
 
 		 275 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4319  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 259 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4209  transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 		 275 aa  107  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0776695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  25.5 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 275 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 279 aa  106  3e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 280 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 278 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 278 aa  104  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 277 aa  104  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 268 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 278 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 		 278 aa  101  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 277 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  24.1 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 278 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 275 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  30 
 
 		 284 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3564  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 264 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5480  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 264 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280485 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4803  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 264 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  99  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4202  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 247 aa  98.6  8e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 270 aa  98.2  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 277 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5726  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 286 aa  97.1  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 278 aa  97.4  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 277 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4705  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 264 aa  96.3  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.974796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  28.24 
 
 		 432 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4939  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 286 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 283 aa  93.6  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>