More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4223 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
299 aa  591  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
299 aa  591  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  64.26 
 
 
305 aa  353  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  64.62 
 
 
305 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  64.62 
 
 
305 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  63.9 
 
 
305 aa  349  4e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  63.41 
 
 
301 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  63.18 
 
 
301 aa  342  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  57.14 
 
 
318 aa  332  4e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  61.72 
 
 
285 aa  329  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  57.48 
 
 
314 aa  325  5e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  61.43 
 
 
312 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  43.46 
 
 
298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  48.22 
 
 
278 aa  211  1e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6198  transcriptional regulator, AraC family  46.74 
 
 
285 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 
309 aa  126  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 
299 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 
296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 
304 aa  103  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  33.65 
 
 
294 aa  102  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  35.27 
 
 
306 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 
292 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  32.84 
 
 
296 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 
294 aa  95.1  1e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 
305 aa  95.1  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  36.02 
 
 
303 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 
304 aa  92.8  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  38.51 
 
 
293 aa  92.8  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  42.07 
 
 
287 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  30.05 
 
 
287 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 
361 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  30.05 
 
 
287 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  34.34 
 
 
292 aa  91.3  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  30.05 
 
 
287 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  30.05 
 
 
287 aa  90.9  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 
289 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 
291 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  29.93 
 
 
291 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 
291 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  32.55 
 
 
291 aa  90.1  4e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  28.45 
 
 
297 aa  90.1  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 
287 aa  89.4  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  34.41 
 
 
299 aa  89  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 
295 aa  89  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 
303 aa  88.6  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 
282 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  29.79 
 
 
289 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 
287 aa  87.4  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  33.55 
 
 
331 aa  87  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 
293 aa  85.9  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  45.05 
 
 
308 aa  85.5  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  29.58 
 
 
293 aa  85.1  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.22 
 
 
287 aa  84.7  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  43.64 
 
 
293 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
316 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 
316 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 
294 aa  84.7  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  35.36 
 
 
290 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  42.74 
 
 
288 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  33.95 
 
 
307 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 
312 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  43.64 
 
 
293 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 
312 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 
296 aa  82.8  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
318 aa  82.8  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
322 aa  82.8  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  35.37 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 
249 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 
291 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  26.69 
 
 
291 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 
313 aa  80.5  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  29.52 
 
 
291 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 
319 aa  80.9  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
316 aa  79.7  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  35.67 
 
 
287 aa  79.7  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  35.67 
 
 
274 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 
305 aa  79.3  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 
353 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 
299 aa  77.8  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 
301 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 
301 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 
301 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 
292 aa  77  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 
291 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1650  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 
339 aa  76.3  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 
154 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 
299 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 
305 aa  75.5  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 
305 aa  75.5  0.0000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 
295 aa  75.5  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 
311 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 
291 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  28.37 
 
 
316 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  35.04 
 
 
368 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  41.24 
 
 
299 aa  75.1  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 
301 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 
311 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  30.65 
 
 
297 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 
311 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>