More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0816 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  644    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  35.4 
 
 		 294 aa  95.5  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  43.64 
 
 		 287 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  30.9 
 
 		 292 aa  90.1  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 293 aa  88.6  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 285 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  40.91 
 
 		 312 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  39.64 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 318 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  43.43 
 
 		 287 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 301 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 303 aa  82  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  39.64 
 
 		 282 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2224  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 278 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000575993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  48.72 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 		 306 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  39.29 
 
 		 305 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  24.32 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3696  helix-turn-helix domain-containing protein  42.55 
 
 		 188 aa  79.3  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  38.79 
 
 		 303 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 299 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  30.56 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 331 aa  77.4  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 188 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  34.29 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 249 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 		 133 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 312 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 332 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 		 112 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 513 aa  75.9  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  40.2 
 
 		 291 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 353 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 316 aa  75.5  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  28.74 
 
 		 289 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  34.59 
 
 		 291 aa  74.7  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 278 aa  75.1  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 260 aa  73.9  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  30.61 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 311 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0590  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.988044  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 361 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1738  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.272253  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  29.08 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2428  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 345 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2863  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 348 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 154 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2126  AraC family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 346 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.330362  normal  0.517633 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 204 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  33.16 
 
 		 284 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1774  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 347 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  31.3 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1004  putative transcriptional regulator  43.52 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 289 aa  72.8  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2729  AraC family transcription regulator  32.1 
 
 		 345 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2788  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 345 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 271 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2849  AraC family transcription regulator  32.1 
 
 		 348 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>