More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3544 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3544  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 186 aa  375  1e-103  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000242227  normal  0.0918221 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2318  helix-turn-helix domain-containing protein  60.87 
 
 		 183 aa  232  3e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6599  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 193 aa  151  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1062  AraC family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 193 aa  150  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.504746 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0244  transcriptional regulator, AraC family  41.76 
 
 		 187 aa  145  3e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3110  transcriptional regulator, AraC family  39.34 
 
 		 189 aa  137  7e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0190  helix-turn-helix domain-containing protein  39.46 
 
 		 186 aa  136  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.55176  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4951  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 187 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00255  putative regulatory protein  35.91 
 
 		 187 aa  125  3e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1512  transcriptional regulator, AraC family  37.2 
 
 		 188 aa  119  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.064462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3326  AraC family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 190 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1936  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.43 
 
 		 188 aa  111  6e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0105063 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1500  AraC family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 192 aa  108  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000826989  normal  0.0270775 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6819  transcriptional regulator, AraC family  35.26 
 
 		 188 aa  107  8.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.632991 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6889  transcriptional regulator, AraC family  32.39 
 
 		 200 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6868  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 197 aa  94.7  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6643  transcriptional regulator, AraC family  29.83 
 
 		 194 aa  91.7  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.367926 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11748  putative regulatory protein  33.53 
 
 		 188 aa  88.2  6e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  33.01 
 
 		 331 aa  64.3  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 309 aa  61.6  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 202 aa  60.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 287 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.44 
 
 		 156 aa  60.1  0.00000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  32.69 
 
 		 281 aa  60.5  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  32.91 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 259 aa  59.3  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 384 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 300 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 306 aa  58.5  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 302 aa  58.5  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4367  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 286 aa  58.5  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0906731 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 315 aa  58.2  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 299 aa  58.2  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.5 
 
 		 537 aa  58.2  0.00000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  33.82 
 
 		 250 aa  58.2  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  34.02 
 
 		 304 aa  58.2  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 299 aa  57.8  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 327 aa  57  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 361 aa  57  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 154 aa  57  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 346 aa  57  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 168 aa  57.4  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  26.42 
 
 		 261 aa  57  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 508 aa  56.6  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  24.8 
 
 		 291 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 299 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 288 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 255 aa  56.6  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 386 aa  56.6  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 168 aa  56.2  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 299 aa  55.8  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 147 aa  55.8  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 532 aa  55.8  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  29.17 
 
 		 272 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 546 aa  56.2  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 301 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 288 aa  55.8  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 291 aa  55.5  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  30.77 
 
 		 304 aa  55.5  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3997  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 316 aa  55.5  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.564896  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 339 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  28.26 
 
 		 539 aa  55.5  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 312 aa  55.1  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 250 aa  55.1  0.0000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 223 aa  55.1  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 318 aa  55.1  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 302 aa  54.7  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01665  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.53 
 
 		 303 aa  54.7  0.0000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 155 aa  54.7  0.0000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 311 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 556 aa  54.7  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 310 aa  54.7  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01654  hypothetical protein  32.53 
 
 		 303 aa  54.7  0.0000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2345  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 148 aa  54.7  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.215475  normal  0.707211 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 322 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 250 aa  54.3  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 306 aa  54.3  0.0000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  28.7 
 
 		 773 aa  54.3  0.0000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  30.14 
 
 		 305 aa  54.7  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  28.75 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 281 aa  54.3  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1935  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 303 aa  54.3  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 305 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 146 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 306 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  29.03 
 
 		 289 aa  53.9  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1299  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 285 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.736083 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 146 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>