More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_0610 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 305 aa  616  1e-175  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  49.13 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  50.41 
 
 		 281 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  35.59 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  52.48 
 
 		 250 aa  111  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 261 aa  106  5e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  49.02 
 
 		 265 aa  106  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 255 aa  106  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  45.54 
 
 		 255 aa  99  9e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  43.44 
 
 		 281 aa  96.3  5e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 261 aa  93.6  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 256 aa  93.6  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  38.06 
 
 		 262 aa  93.2  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 281 aa  90.9  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 292 aa  88.2  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 156 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  37.38 
 
 		 250 aa  82.8  0.000000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  42.71 
 
 		 331 aa  82  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  41.96 
 
 		 158 aa  79.7  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  42.57 
 
 		 157 aa  79.7  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 148 aa  77.8  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  37.17 
 
 		 168 aa  77  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 204 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1732  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 323 aa  73.6  0.000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0413947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 513 aa  73.6  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  28.91 
 
 		 537 aa  72.4  0.000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 361 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2739  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 142 aa  71.2  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  44.57 
 
 		 145 aa  70.5  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 162 aa  70.1  0.00000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 533 aa  69.7  0.00000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3543  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  32.62 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0733434 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 315 aa  68.9  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 150 aa  68.9  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 322 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0723  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 331 aa  68.9  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.065718 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 315 aa  68.9  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  31.5 
 
 		 287 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 150 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 517 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  31.5 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 150 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 309 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 150 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 299 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.81 
 
 		 156 aa  67.8  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  40.62 
 
 		 141 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 198 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4209  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 308 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378308  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  27.34 
 
 		 255 aa  68.2  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 1201 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 519 aa  68.2  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 255 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3127  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 312 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 319 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7439  transcriptional regulator, AraC family  33.91 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.753701 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2105  putative sigma54 specific transcriptional regulator  36.54 
 
 		 497 aa  67  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.619214  normal  0.0553697 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2755  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 302 aa  67  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.877904 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2738  AraC-type transcriptional regulator domain protein  37.11 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 145 aa  67.4  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  38.54 
 
 		 140 aa  67  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 154 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 129 aa  67.4  0.0000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4732  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583037  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 295 aa  67  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 303 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  33.33 
 
 		 308 aa  67  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 328 aa  67  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 308 aa  67  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5449  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109166 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  33.66 
 
 		 303 aa  67  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  38.38 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2890  transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.178075  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1820  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3379  transcriptional regulator  36.17 
 
 		 337 aa  66.6  0.0000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.949377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3531  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>