More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1936 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1936  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 188 aa  380  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0105063 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4951  transcriptional regulator, AraC family  52.41 
 
 		 187 aa  194  8.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00255  putative regulatory protein  49.73 
 
 		 187 aa  187  1e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0244  transcriptional regulator, AraC family  51.89 
 
 		 187 aa  186  2e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6819  transcriptional regulator, AraC family  44.32 
 
 		 188 aa  173  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.632991 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6868  transcriptional regulator, AraC family  45.74 
 
 		 197 aa  171  5.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3110  transcriptional regulator, AraC family  46.56 
 
 		 189 aa  171  6.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0190  helix-turn-helix domain-containing protein  48.3 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.55176  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6599  transcriptional regulator, AraC family  48.68 
 
 		 193 aa  167  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1512  transcriptional regulator, AraC family  45.21 
 
 		 188 aa  165  4e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.064462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1500  AraC family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 192 aa  149  2e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000826989  normal  0.0270775 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6889  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 200 aa  144  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3326  AraC family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 190 aa  144  8.000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11748  putative regulatory protein  41.08 
 
 		 188 aa  138  4.999999999999999e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1062  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 193 aa  137  7e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.504746 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6643  transcriptional regulator, AraC family  37.57 
 
 		 194 aa  129  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.367926 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2318  helix-turn-helix domain-containing protein  36.41 
 
 		 183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3544  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 186 aa  111  6e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000242227  normal  0.0918221 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6873  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.66 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  33.02 
 
 		 537 aa  69.3  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  68.2  0.00000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3631  transcriptional regulator, AraC family  24.39 
 
 		 327 aa  67.8  0.00000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  31.03 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 204 aa  66.2  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  28.8 
 
 		 291 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  30.63 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2425  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 147 aa  63.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0298532  hitchhiker  0.00178687 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 291 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2033  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 276 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 150 aa  62  0.000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  30.85 
 
 		 324 aa  62  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 277 aa  62  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2631  transcriptional regulator  26.51 
 
 		 347 aa  62  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0133443  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 291 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2022  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 311 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00965402  normal  0.580849 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2645  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 281 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2070  transcriptional regulator, AraC family  32.95 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0359313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 281 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 		 300 aa  61.6  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 287 aa  61.2  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 274 aa  61.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.91 
 
 		 301 aa  61.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 231 aa  60.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 231 aa  60.8  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 231 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3379  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.25 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0489  transcriptional regulator, AraC family  32.58 
 
 		 147 aa  60.8  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.239723 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 231 aa  60.8  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 231 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  37.68 
 
 		 309 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  38.81 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3008  helix-turn-helix domain-containing protein  32.58 
 
 		 149 aa  60.8  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.501023  normal  0.487473 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 155 aa  60.5  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 277 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 384 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6224  AraC family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 367 aa  59.7  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  23.64 
 
 		 333 aa  60.1  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 386 aa  59.7  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2046  transcriptional regulator, AraC family  43.59 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.344929  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  39.18 
 
 		 365 aa  59.3  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 323 aa  59.3  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1572  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  36.59 
 
 		 387 aa  59.7  0.00000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 		 508 aa  59.3  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 542 aa  59.3  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 300 aa  59.3  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7719  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  26.27 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 288 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0009  transcriptional regulator, AraC family  31.46 
 
 		 139 aa  58.5  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  58.5  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  31.03 
 
 		 298 aa  58.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 285 aa  58.5  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 327 aa  58.5  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2823  transcriptional regulator, AraC family  36.43 
 
 		 285 aa  58.5  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>