More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1062 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_1062  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  384  1e-106  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.504746 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6599  transcriptional regulator, AraC family  52.69 
 
 		 193 aa  202  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00255  putative regulatory protein  45.65 
 
 		 187 aa  173  1.9999999999999998e-42  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0190  helix-turn-helix domain-containing protein  47.85 
 
 		 186 aa  170  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.55176  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3110  transcriptional regulator, AraC family  43.62 
 
 		 189 aa  168  4e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0244  transcriptional regulator, AraC family  46.49 
 
 		 187 aa  168  4e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4951  transcriptional regulator, AraC family  44.92 
 
 		 187 aa  155  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6889  transcriptional regulator, AraC family  39.46 
 
 		 200 aa  151  5.9999999999999996e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3544  AraC family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 186 aa  150  1e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000242227  normal  0.0918221 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1512  transcriptional regulator, AraC family  40.43 
 
 		 188 aa  149  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.064462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2318  helix-turn-helix domain-containing protein  42.78 
 
 		 183 aa  147  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1500  AraC family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 192 aa  138  6e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000826989  normal  0.0270775 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1936  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.36 
 
 		 188 aa  137  7.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0105063 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6819  transcriptional regulator, AraC family  34.76 
 
 		 188 aa  125  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.632991 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6868  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 197 aa  122  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3326  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 190 aa  121  8e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6643  transcriptional regulator, AraC family  29.32 
 
 		 194 aa  111  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.367926 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11748  putative regulatory protein  32.62 
 
 		 188 aa  89  4e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 288 aa  63.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 250 aa  62.8  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6873  Helix-turn-helix, AraC domain protein  21.47 
 
 		 196 aa  62  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.17 
 
 		 299 aa  60.8  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 302 aa  60.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.34 
 
 		 537 aa  58.9  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0888  AraC family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 369 aa  58.9  0.00000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 299 aa  58.2  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  38.2 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  34.67 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 300 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 300 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  36.62 
 
 		 539 aa  56.6  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  44.12 
 
 		 513 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  27.1 
 
 		 301 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 318 aa  56.2  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  39.08 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 313 aa  55.5  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 		 297 aa  55.8  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  28.04 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 301 aa  55.5  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  40.23 
 
 		 306 aa  55.5  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  28.4 
 
 		 297 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 282 aa  54.7  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 301 aa  54.7  0.0000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  26.17 
 
 		 307 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 272 aa  54.7  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 291 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  53.9  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 773 aa  54.3  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  53.9  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 302 aa  54.3  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  28.45 
 
 		 328 aa  53.9  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 306 aa  54.3  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 306 aa  53.9  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 255 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 309 aa  53.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 306 aa  53.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  53.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 295 aa  53.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 310 aa  53.5  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 295 aa  53.5  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  53.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1572  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  33.33 
 
 		 387 aa  53.1  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33 
 
 		 311 aa  53.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 305 aa  52.8  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 291 aa  52.8  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2291  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 292 aa  52.4  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 546 aa  52.4  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 287 aa  52.4  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  39.08 
 
 		 306 aa  52.4  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  56.82 
 
 		 282 aa  52.4  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  31.43 
 
 		 295 aa  52.4  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 302 aa  52.4  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 331 aa  52.4  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3295  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 285 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  41.79 
 
 		 289 aa  52  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  30.43 
 
 		 291 aa  52  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3956  putative regulatory protein  30.34 
 
 		 271 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0244269  normal  0.828136 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4001  putative transcriptional regulator  30.34 
 
 		 271 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.940351  normal  0.48087 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 204 aa  52  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  29.76 
 
 		 305 aa  52  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 532 aa  51.6  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 305 aa  51.6  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3892  putative transcriptional regulator  30.34 
 
 		 271 aa  52  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 303 aa  52  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3876  putative transcriptional regulator  30.34 
 
 		 271 aa  52  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4063  putative transcriptional regulator  30.34 
 
 		 271 aa  52  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.453209 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 298 aa  51.6  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1482  transcriptional regulator, AraC family  35.82 
 
 		 345 aa  52  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  42.65 
 
 		 308 aa  52  0.000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1284  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 150 aa  51.6  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113344 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 261 aa  51.6  0.000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  33.05 
 
 		 343 aa  51.6  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 308 aa  51.6  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 386 aa  51.2  0.000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>