More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3295 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3295  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 285 aa  570  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1299  AraC family transcriptional regulator  91.52 
 
 		 285 aa  525  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.736083 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4722  AraC family transcriptional regulator  76.76 
 
 		 285 aa  437  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0847  AraC family transcriptional regulator  58.27 
 
 		 280 aa  326  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.664852 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3718  AraC family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 305 aa  318  7.999999999999999e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0667  helix-turn-helix domain-containing protein  57.91 
 
 		 297 aa  302  5.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.145223  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0166  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 284 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3708  AraC family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 278 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4820  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 274 aa  132  7.999999999999999e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6066  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.576026  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  42.34 
 
 		 272 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  41.44 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  31.86 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 299 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 285 aa  72  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 269 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 269 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 306 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 356 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 250 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  32.06 
 
 		 162 aa  68.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 513 aa  67.8  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 299 aa  67.4  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1602  transcriptional regulator  34.82 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  39 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  33 
 
 		 331 aa  67.4  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.96 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 355 aa  67  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 304 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 357 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 313 aa  66.6  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 302 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 353 aa  66.2  0.0000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  34.69 
 
 		 316 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 361 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4575  transcriptional regulator  33.77 
 
 		 326 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 357 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  43.69 
 
 		 160 aa  65.9  0.0000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 357 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 285 aa  65.5  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 308 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 306 aa  65.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 112 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 		 360 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  29.81 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 133 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0844  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  38.38 
 
 		 324 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 393 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  33.33 
 
 		 396 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 361 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 396 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  29.13 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  39.74 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1098  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.34 
 
 		 360 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.265022 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 269 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  39.74 
 
 		 366 aa  63.9  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 281 aa  63.9  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  39.76 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 533 aa  63.2  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2345  AraC family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 148 aa  63.5  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.215475  normal  0.707211 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0213  transcriptional regulator, AraC family protein  28.57 
 
 		 287 aa  63.5  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00887507 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>