More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0401 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 310 aa  645    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 333 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.31 
 
 		 325 aa  112  5e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  32.55 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  40.56 
 
 		 305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  34.16 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 318 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 318 aa  99.4  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 335 aa  99.4  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  36.13 
 
 		 338 aa  97.8  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 291 aa  97.1  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  41.91 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.02 
 
 		 315 aa  96.7  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 279 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 329 aa  96.3  7e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 312 aa  95.1  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  31.82 
 
 		 303 aa  94  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  36.69 
 
 		 343 aa  94  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  34.81 
 
 		 329 aa  93.6  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 313 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 313 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 296 aa  92.8  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 399 aa  90.5  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 332 aa  90.5  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 398 aa  90.1  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  34.67 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  37.91 
 
 		 321 aa  89.7  6e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  32.73 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 323 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 		 314 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  35.86 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  32.73 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  31.66 
 
 		 326 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  32.05 
 
 		 384 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  33.33 
 
 		 323 aa  88.2  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 347 aa  87  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  33.77 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  33.33 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  33.33 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  33.33 
 
 		 351 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 		 322 aa  84.7  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 342 aa  83.2  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  45.63 
 
 		 308 aa  82.8  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 357 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  30.87 
 
 		 329 aa  80.9  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  31.36 
 
 		 320 aa  80.1  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  28.78 
 
 		 322 aa  79.3  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  32.09 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 326 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0839  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 327 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  33.54 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 350 aa  77  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 361 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 382 aa  75.9  0.0000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.94 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 320 aa  75.5  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  30.66 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 277 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 515 aa  73.2  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 277 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 1201 aa  73.2  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  34.86 
 
 		 324 aa  72.8  0.000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 145 aa  72.4  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 332 aa  71.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 323 aa  71.6  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 		 285 aa  72.4  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 335 aa  70.1  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 513 aa  70.1  0.00000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  21.72 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  28.28 
 
 		 329 aa  68.9  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  26.8 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 334 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 331 aa  68.2  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 320 aa  68.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 539 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 532 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>