More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5702 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 319 aa  662    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  66.04 
 
 		 320 aa  459  9.999999999999999e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  37.82 
 
 		 318 aa  222  8e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 318 aa  185  9e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 326 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  39.55 
 
 		 314 aa  159  5e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 326 aa  153  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 320 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 328 aa  82.4  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  23.36 
 
 		 368 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  29.79 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  28.02 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  31.28 
 
 		 335 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  28.16 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  28.99 
 
 		 291 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  32.61 
 
 		 343 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.85 
 
 		 325 aa  74.3  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0100  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 252 aa  73.9  0.000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1147  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  35.51 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  25.22 
 
 		 384 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  26.63 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2499  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.81 
 
 		 156 aa  72  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.401459  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 321 aa  71.6  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 398 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  37 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 313 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  36.89 
 
 		 1388 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  29.46 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 399 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 313 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 350 aa  69.3  0.00000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 311 aa  68.9  0.00000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 330 aa  68.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  68.9  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 146 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 146 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  36 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1783  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 146 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.244044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 333 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  20.74 
 
 		 319 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 329 aa  68.2  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7234  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0446957 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  29.21 
 
 		 305 aa  67  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 332 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 		 322 aa  67  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4321  helix-turn-helix domain-containing protein  31.43 
 
 		 357 aa  66.6  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 271 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  32.29 
 
 		 291 aa  66.6  0.0000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  26.43 
 
 		 325 aa  66.2  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 258 aa  66.2  0.0000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  40.48 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 345 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2367  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.923255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1432  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 387 aa  65.1  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.185359  normal  0.618503 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 268 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 318 aa  65.1  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3290  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 324 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5636  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 760 aa  65.5  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.02 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 298 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 269 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2476  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 286 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 357 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2813  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 301 aa  64.3  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 322 aa  65.1  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  31.07 
 
 		 308 aa  64.3  0.000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  23.08 
 
 		 329 aa  63.9  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.27 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 904 aa  63.5  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1319  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 332 aa  63.9  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 382 aa  63.9  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  34.34 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  40.96 
 
 		 1355 aa  63.2  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 326 aa  63.2  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>