More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1500 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 319 aa  658    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  36.57 
 
 		 322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  39.45 
 
 		 322 aa  169  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  38.8 
 
 		 319 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 295 aa  90.9  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  43.1 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 312 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  35.04 
 
 		 333 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  48.98 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 368 aa  82.4  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 312 aa  80.5  0.00000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  36.89 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  32.09 
 
 		 326 aa  79.7  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  29.79 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  26.33 
 
 		 325 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  43.69 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  36.09 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 319 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  43.16 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 347 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  39.64 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  27.95 
 
 		 291 aa  75.5  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  37.5 
 
 		 299 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  37.5 
 
 		 323 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  41.58 
 
 		 326 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  42.55 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  37.5 
 
 		 351 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  36.44 
 
 		 318 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 398 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  34.48 
 
 		 326 aa  72.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.27 
 
 		 325 aa  72  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 399 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 321 aa  72  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  32.86 
 
 		 384 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 382 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  40.45 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 319 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1748  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.51 
 
 		 270 aa  67.4  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130809 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3812  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 328 aa  67.8  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.254073  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  24.2 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  42.16 
 
 		 332 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  22.98 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 365 aa  65.1  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0450  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0724332  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 357 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 332 aa  63.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 329 aa  63.5  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  35.38 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  37.61 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3152  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0294751  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0650  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 251 aa  62.8  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 361 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0441  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.586724  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 308 aa  62  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 259 aa  62  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 320 aa  62.4  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12970  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  39.18 
 
 		 306 aa  62.4  0.00000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.149965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 329 aa  62  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  33.05 
 
 		 316 aa  62.4  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0866  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 251 aa  62  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 259 aa  61.6  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 361 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0733  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 330 aa  61.6  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0573176  normal  0.10011 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  34.69 
 
 		 343 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  38 
 
 		 316 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5386  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 270 aa  60.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0924  transcriptional regulator, AraC family  41.98 
 
 		 267 aa  60.8  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489543  normal  0.138497 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6017  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  32.03 
 
 		 329 aa  60.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3893  helix-turn-helix domain-containing protein  33.73 
 
 		 272 aa  59.7  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 313 aa  59.7  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5246  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 348 aa  59.7  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.251899  normal  0.128445 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 330 aa  59.7  0.00000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2545  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 314 aa  59.7  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  35.06 
 
 		 272 aa  59.7  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4456  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0480733 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 388 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  36 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.111213  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0900  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 269 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.899856  normal  0.0742075 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 301 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1112  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 268 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.683212  normal  0.130895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0605  transcriptional regulator, AraC family  37.18 
 
 		 269 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.667358  normal  0.375957 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3194  helix-turn-helix domain-containing protein  28.46 
 
 		 322 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>