More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5347 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 332 aa  682    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 338 aa  161  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  33.46 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.7 
 
 		 315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 329 aa  152  8e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 314 aa  132  9e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 		 368 aa  129  6e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  32.49 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  40.46 
 
 		 328 aa  122  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 335 aa  117  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 312 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 329 aa  106  6e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  37.2 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 313 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  34.67 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 313 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 		 279 aa  99.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 399 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 398 aa  96.7  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  26.19 
 
 		 329 aa  96.3  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  31.03 
 
 		 295 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 384 aa  94  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  31.61 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  32.28 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 310 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 299 aa  90.9  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.66 
 
 		 325 aa  90.9  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 388 aa  90.9  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  29.91 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 347 aa  90.1  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 350 aa  90.5  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 361 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 325 aa  87.4  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 292 aa  87  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 332 aa  86.7  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  30.28 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 357 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2126  transcriptional regulator, AraC family  34.42 
 
 		 325 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000362922  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 365 aa  82.4  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  28.71 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  28.71 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 295 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  29.7 
 
 		 323 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  28.71 
 
 		 351 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 382 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2960  putative transcriptional regulator  32.45 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2517  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39 
 
 		 158 aa  80.1  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  26.76 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 335 aa  79  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 315 aa  77.8  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35070  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 284 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 277 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 277 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 337 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 322 aa  77  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  39.22 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0345  helix-turn-helix domain-containing protein  25.35 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 		 334 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  28.99 
 
 		 324 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 345 aa  75.1  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 312 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2545  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 334 aa  72.8  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  26.25 
 
 		 318 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 277 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 277 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4321  helix-turn-helix domain-containing protein  29.76 
 
 		 357 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  25.23 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2611  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 319 aa  68.9  0.0000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  35.16 
 
 		 354 aa  69.3  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 271 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  22.73 
 
 		 377 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0422  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  27.39 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>