More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3558 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  95.49 
 
 		 377 aa  754    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 377 aa  786    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  65.64 
 
 		 333 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 332 aa  175  9e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1747  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1946  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 337 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.73017  normal  0.353562 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2540  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 351 aa  138  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  27.61 
 
 		 329 aa  122  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3086  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0131175  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  26.78 
 
 		 315 aa  105  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 259 aa  94.7  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 259 aa  94.4  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 334 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 334 aa  93.6  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 334 aa  92.8  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 334 aa  92.8  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 334 aa  92.8  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 317 aa  90.1  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  26.43 
 
 		 324 aa  87  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  25.43 
 
 		 322 aa  86.3  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 382 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 328 aa  77.4  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  29.8 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 337 aa  76.6  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  29.29 
 
 		 329 aa  73.9  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0457  transcriptional regulator, AraC family  23.42 
 
 		 331 aa  73.6  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.761894  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 347 aa  72.8  0.000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 277 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 345 aa  72.8  0.00000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 277 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 277 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  27.61 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 		 312 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 		 312 aa  69.3  0.0000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.37 
 
 		 325 aa  68.9  0.0000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  25.57 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35070  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 284 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3031  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 339 aa  68.2  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000013989  hitchhiker  0.000160975 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30 
 
 		 315 aa  68.6  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 329 aa  68.6  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2960  putative transcriptional regulator  28.76 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2425  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.989434  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  22.73 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 384 aa  67  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 297 aa  67  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 357 aa  67  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 320 aa  67  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2070  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 301 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 297 aa  67  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 316 aa  66.6  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1163  AraC-type transcriptional regulator domain protein  22.71 
 
 		 300 aa  67  0.0000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000040891  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  33.33 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 375 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 299 aa  66.6  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2360  AraC-like transcriptional regulator  28.47 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3097  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 270 aa  66.2  0.0000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 301 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  30.15 
 
 		 316 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 292 aa  66.2  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 398 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 319 aa  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1275  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2519  AraC family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 285 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 332 aa  65.5  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2534  AraC family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 285 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 332 aa  65.5  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 335 aa  64.7  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4538  AraC family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 323 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.302174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  24.48 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0382  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 346 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.723161  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 399 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>