More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2225 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 337 aa  693    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 350 aa  185  9e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 347 aa  95.5  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 342 aa  94.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  35.48 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 329 aa  90.1  4e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 398 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 399 aa  87  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  23.47 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 357 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 331 aa  83.2  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 335 aa  82.8  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  23.78 
 
 		 333 aa  81.6  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.89 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  29.03 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 382 aa  77.4  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  34.51 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 		 333 aa  77.4  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 368 aa  77  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  23.13 
 
 		 377 aa  76.6  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 323 aa  76.3  0.0000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  25.36 
 
 		 343 aa  76.3  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  22.02 
 
 		 388 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  20.27 
 
 		 361 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 313 aa  72.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.582796 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 323 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  30.92 
 
 		 329 aa  72  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 325 aa  70.9  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 315 aa  70.1  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1147  AraC family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 365 aa  69.7  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3086  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0131175  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  22.71 
 
 		 377 aa  69.3  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 234 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  29.19 
 
 		 338 aa  69.3  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 310 aa  68.9  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0308  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  25.74 
 
 		 320 aa  68.6  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 333 aa  68.2  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1284  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.960401  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1163  AraC-type transcriptional regulator domain protein  27.91 
 
 		 300 aa  67.4  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000040891  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  29.68 
 
 		 314 aa  67  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1770  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 320 aa  67  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 291 aa  67  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  32.82 
 
 		 1376 aa  66.2  0.0000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4771  transcriptional regulator, AraC family  32.39 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 320 aa  66.2  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0975  transcriptional regulator, AraC family  24.69 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1482  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 345 aa  66.2  0.0000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  33.08 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  23.65 
 
 		 311 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0411  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 348 aa  65.5  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0839  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 327 aa  65.5  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 335 aa  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2162  transcriptional regulator, AraC family  34.33 
 
 		 284 aa  65.1  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.637504 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  25.52 
 
 		 1374 aa  64.7  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.63 
 
 		 325 aa  64.3  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 326 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  26.52 
 
 		 322 aa  63.9  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5182  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 263 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  29.77 
 
 		 279 aa  63.5  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0804  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 145 aa  63.9  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  24.83 
 
 		 312 aa  63.5  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  26.62 
 
 		 329 aa  63.5  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 286 aa  63.2  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 303 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  30.6 
 
 		 305 aa  62  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 271 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 271 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 271 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 308 aa  62  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  27.34 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 271 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 271 aa  62  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0526  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 300 aa  60.8  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  27.7 
 
 		 331 aa  60.8  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 278 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 312 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 268 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 324 aa  60.1  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 291 aa  60.1  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>