More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1439 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
322 aa  664    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  53.99 
 
 
319 aa  335  5.999999999999999e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  53.27 
 
 
322 aa  329  4e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1500  helix-turn-helix domain-containing protein  36.25 
 
 
319 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.546441  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 
295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 
310 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 
333 aa  97.1  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 
333 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  28.76 
 
 
312 aa  92.8  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  39.32 
 
 
347 aa  89.7  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  42.72 
 
 
305 aa  88.2  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  47.57 
 
 
302 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  35.4 
 
 
318 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  41 
 
 
310 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
296 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  38.74 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  32.88 
 
 
295 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  25.16 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  31.34 
 
 
291 aa  80.9  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 
368 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.81 
 
 
325 aa  78.6  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  31.51 
 
 
296 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  23.7 
 
 
319 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  37.29 
 
 
384 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 
332 aa  77  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  38.18 
 
 
398 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  37.61 
 
 
316 aa  76.6  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 
326 aa  76.6  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 
313 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 
326 aa  75.5  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  36.45 
 
 
292 aa  75.1  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  38.68 
 
 
323 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 
399 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 
343 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
313 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
313 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 
365 aa  73.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  23.28 
 
 
338 aa  72.4  0.000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  34.33 
 
 
335 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  31.01 
 
 
330 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 
357 aa  72  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  38.83 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.09 
 
 
315 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  35.85 
 
 
299 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  35.85 
 
 
323 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  35.85 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  34.51 
 
 
326 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  23.25 
 
 
307 aa  70.1  0.00000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  33.56 
 
 
333 aa  70.1  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  22.01 
 
 
329 aa  70.1  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  34.26 
 
 
320 aa  69.7  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 
314 aa  69.7  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
332 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 
335 aa  68.6  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  24.83 
 
 
325 aa  67.8  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 
342 aa  67.4  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 
312 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 
296 aa  67.8  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0650  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 
251 aa  67.4  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
320 aa  67  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2545  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 
314 aa  67  0.0000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 
299 aa  66.2  0.0000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0866  transcriptional regulator, AraC family  32.84 
 
 
251 aa  66.2  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 
321 aa  66.2  0.0000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 
281 aa  65.9  0.0000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 
313 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  30.32 
 
 
295 aa  65.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 
259 aa  64.7  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 
319 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  34.88 
 
 
296 aa  63.9  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  32.37 
 
 
279 aa  64.3  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 
327 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 
346 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 
311 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 
312 aa  64.3  0.000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 
311 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 
311 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 
259 aa  63.5  0.000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 
311 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 
308 aa  63.2  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12970  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  33.33 
 
 
306 aa  63.2  0.000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.149965  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 
307 aa  62  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0658  AraC family transcriptional regulator  39.17 
 
 
327 aa  61.2  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 
329 aa  61.2  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0021  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 
334 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2517  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.58 
 
 
158 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 
311 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 
277 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  27.84 
 
 
294 aa  60.5  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 
271 aa  60.5  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3159  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
334 aa  60.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0609208 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 
277 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 
315 aa  60.1  0.00000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 
303 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 
269 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  33.79 
 
 
251 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 
361 aa  59.3  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 
382 aa  58.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 
289 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>