More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3774 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 345 aa  711    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  61.98 
 
 		 324 aa  388  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0457  transcriptional regulator, AraC family  60.8 
 
 		 331 aa  368  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.761894  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  56.15 
 
 		 334 aa  347  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  56.15 
 
 		 334 aa  347  1e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  56.15 
 
 		 334 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  56.15 
 
 		 334 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  56.15 
 
 		 334 aa  345  5e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  37.94 
 
 		 312 aa  179  8e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 320 aa  172  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2365  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 317 aa  155  8e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.417221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3259  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.560164  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  35.07 
 
 		 312 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  37.61 
 
 		 329 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  33.1 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 377 aa  77  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 329 aa  77  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  29.57 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0679  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00764856  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1747  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1946  AraC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.73017  normal  0.353562 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 312 aa  73.6  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 377 aa  72.8  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 342 aa  71.2  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  34.58 
 
 		 304 aa  70.5  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  33.67 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 347 aa  69.7  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 329 aa  67.8  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  29.68 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 329 aa  67.8  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  37.63 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 328 aa  66.6  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 259 aa  66.6  0.0000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 269 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  22.82 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  34.51 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 310 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 296 aa  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  33.8 
 
 		 295 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 		 326 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 309 aa  65.5  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 333 aa  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 384 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  24.83 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 399 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6337  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 277 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 398 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 277 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0997  AraC/XylS family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 358 aa  63.9  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 338 aa  63.5  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  28.57 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2517  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27 
 
 		 158 aa  63.5  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 319 aa  63.5  0.000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 313 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  39.76 
 
 		 333 aa  63.2  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 313 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 276 aa  62.4  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 382 aa  62.4  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  31.39 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 350 aa  61.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 388 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 361 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4298  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.552158  normal  0.269124 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4979  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3181  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3135  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7057  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.24419 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 273 aa  59.3  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 275 aa  58.5  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3398  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 273 aa  58.9  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.61994  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  40.24 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  36 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1395  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 301 aa  59.3  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 328 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  35.85 
 
 		 307 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0658  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 327 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 306 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 277 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 311 aa  57.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0072  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 		 315 aa  58.2  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.582796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>