More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1497 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 333 aa  681    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  26.32 
 
 		 303 aa  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 347 aa  99  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 313 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2694  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 332 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.899645 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0117  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 337 aa  81.6  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 329 aa  82  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  26.47 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.25 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  35.43 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 271 aa  79  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1776  helix-turn-helix domain-containing protein  34.18 
 
 		 329 aa  77.4  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.23577 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  26.8 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  33.52 
 
 		 322 aa  75.9  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  28.81 
 
 		 343 aa  75.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 388 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1123  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 361 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.408169  normal  0.947213 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 398 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  36.54 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2961  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0159613  hitchhiker  0.000452365 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 320 aa  73.2  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 154 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 		 279 aa  72  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 382 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 299 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2271  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 326 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 279 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 399 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1094  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 259 aa  70.9  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  24.53 
 
 		 333 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  31.01 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  31.3 
 
 		 1324 aa  70.5  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  24.02 
 
 		 329 aa  70.5  0.00000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  31.62 
 
 		 323 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  33.56 
 
 		 322 aa  70.1  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  31.62 
 
 		 351 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  31.62 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  24.45 
 
 		 368 aa  69.7  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  32.86 
 
 		 279 aa  69.7  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  21.72 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  32.35 
 
 		 323 aa  69.3  0.00000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  24.32 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1192  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 259 aa  68.9  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.933136  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 1201 aa  68.9  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  36.05 
 
 		 508 aa  68.9  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  31.01 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 338 aa  68.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 334 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 384 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  37.86 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 334 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  28.78 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 334 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  21.01 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 323 aa  67  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 299 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  22.06 
 
 		 326 aa  67  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  39.36 
 
 		 293 aa  67  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 307 aa  67  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1485  helix-turn-helix domain-containing protein  28.86 
 
 		 306 aa  66.6  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.232503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 304 aa  66.6  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  27.5 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  40 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 270 aa  66.2  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 204 aa  66.6  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  36.17 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 353 aa  66.2  0.0000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 333 aa  66.2  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  29.8 
 
 		 329 aa  66.2  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 312 aa  65.9  0.0000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 328 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5046  transcriptional regulator, AraC family  34.45 
 
 		 360 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.311453 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 296 aa  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1440  helix-turn-helix, AraC type  31.19 
 
 		 209 aa  65.5  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3721  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0850692  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 266 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 262 aa  65.5  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>