More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_03650 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  613  9.999999999999999e-175  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  64.29 
 
 		 291 aa  384  1e-105  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  27.48 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 328 aa  115  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 319 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 368 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  31.21 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  34.34 
 
 		 318 aa  96.3  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 		 329 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 347 aa  94  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  92.4  7e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  32.08 
 
 		 295 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  32.9 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  32.12 
 
 		 321 aa  91.7  1e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  32.9 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2168  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 325 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 382 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 318 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.33 
 
 		 325 aa  90.5  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  34.91 
 
 		 330 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4270  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 343 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 384 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 314 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 329 aa  88.2  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  33.04 
 
 		 329 aa  88.6  1e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 313 aa  88.2  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  31.91 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 279 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 399 aa  85.9  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 313 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  30.5 
 
 		 351 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  30.5 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2099  yersiniabactin transcriptional regulator YbtA  33.33 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 398 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  30.5 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2150  transcriptional regulator, AraC family  23.61 
 
 		 314 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.28417  normal  0.200659 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2439  helix-turn-helix domain-containing protein  32.59 
 
 		 322 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.856689  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5702  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 319 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.946416 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 		 335 aa  79.7  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 320 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2606  transcriptional regulator, AraC family  28.82 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.177671  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  32.23 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 		 332 aa  76.6  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2545  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5371  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.540746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 277 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  30.99 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 277 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 311 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0862  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185798  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  28.67 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.17 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  23.21 
 
 		 338 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 278 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1439  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.257773  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 357 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 277 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 350 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 365 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0803  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 323 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 279 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 271 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 331 aa  69.3  0.00000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 271 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0392  helix-turn-helix domain-containing protein  26.34 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  35.05 
 
 		 356 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0325  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 325 aa  68.2  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 283 aa  67.4  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 345 aa  67  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  32.08 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0895  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2825  helix-turn-helix domain-containing protein  29.3 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00154924  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 		 332 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0658  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 271 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1497  helix-turn-helix domain-containing protein  35.64 
 
 		 333 aa  65.9  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.956503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2415  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 345 aa  65.9  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 316 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>