More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6337 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6337  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 259 aa  516  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4732  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 257 aa  204  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 243 aa  174  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  34.47 
 
 		 277 aa  145  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 306 aa  141  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 276 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  34.47 
 
 		 273 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 285 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 285 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3398  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 273 aa  124  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.61994  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  38.6 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1236  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 319 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000472369  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2151  transcriptional regulator, AraC family  31.1 
 
 		 293 aa  113  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2287  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 273 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 312 aa  111  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0117  AraC family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2344  AraC family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3418  AraC family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3375  AraC family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0121717  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3390  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 279 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 214 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 318 aa  107  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 325 aa  106  3e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  39.84 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 342 aa  105  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2186  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 289 aa  105  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0548516  normal  0.0213407 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1911  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 349 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  38.73 
 
 		 305 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 275 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  34.01 
 
 		 234 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 320 aa  102  7e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 311 aa  101  9e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5115  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 333 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0388343  normal  0.0650522 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 317 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  32.98 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  33.83 
 
 		 309 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  31.96 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 349 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  33.51 
 
 		 329 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 323 aa  99.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 301 aa  99.8  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 348 aa  99.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 331 aa  99.8  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3471  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 344 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.340628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 328 aa  99.4  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 307 aa  99  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5293  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 344 aa  99  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.273034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1532  AraC family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 340 aa  99  7e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.580066  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  37.64 
 
 		 331 aa  98.6  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 325 aa  98.6  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 320 aa  98.6  9e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 320 aa  98.6  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 348 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 348 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  34.64 
 
 		 325 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 349 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 304 aa  96.7  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4179  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 288 aa  96.7  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 349 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  35.26 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 297 aa  96.3  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 348 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3616  GGDEF  41.28 
 
 		 124 aa  95.9  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.142982 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  37.79 
 
 		 301 aa  95.5  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1450  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 301 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.342314 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 305 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1249  AraC family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 270 aa  94  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 303 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  33.62 
 
 		 333 aa  94  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 325 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 325 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 320 aa  93.6  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 324 aa  93.2  3e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  38.3 
 
 		 359 aa  93.6  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  36.52 
 
 		 338 aa  92.8  4e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0991  transcriptional regulator, AraC family  41.78 
 
 		 315 aa  93.2  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0397421  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  29.84 
 
 		 303 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 309 aa  93.2  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 337 aa  93.2  4e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  35.83 
 
 		 356 aa  92.8  5e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  34.24 
 
 		 318 aa  92.4  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 325 aa  92  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 297 aa  92  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>