More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3116 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 301 aa  596  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  57.43 
 
 		 297 aa  338  9.999999999999999e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  52.7 
 
 		 310 aa  325  7e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 319 aa  288  5.0000000000000004e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  49.83 
 
 		 305 aa  287  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 299 aa  286  4e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 305 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 325 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 325 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 305 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 303 aa  270  2e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  47.3 
 
 		 305 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 325 aa  266  4e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 325 aa  265  8e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1395  AraC family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0389  helix-turn-helix domain-containing protein  43.92 
 
 		 308 aa  247  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.813465  normal  0.450006 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 305 aa  246  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5242  helix-turn-helix domain-containing protein  48.82 
 
 		 302 aa  235  7e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2813  transcriptional regulator, AraC family  47.97 
 
 		 301 aa  234  1.0000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1013  helix-turn-helix domain-containing protein  46.44 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209714 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  45.48 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1040  transcriptional regulator, AraC family  49.32 
 
 		 299 aa  205  9e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 		 345 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0991  transcriptional regulator, AraC family  35.86 
 
 		 315 aa  161  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0397421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 332 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 303 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 348 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 348 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 348 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 333 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 322 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 325 aa  142  5e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  33.99 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 317 aa  136  4e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  33.44 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  32.33 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 		 327 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  32.69 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  31.29 
 
 		 327 aa  129  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  32.44 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  35.17 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 334 aa  128  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 312 aa  125  7e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 344 aa  125  7e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  34.38 
 
 		 335 aa  124  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  34.87 
 
 		 359 aa  122  7e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 348 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  29.68 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  36.24 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  32.92 
 
 		 356 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  36.09 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 330 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 214 aa  120  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  39.33 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 325 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8683  transcriptional regulator, AraC family  33.56 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  30.49 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1450  transcriptional regulator, AraC family  39.88 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.342314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  32.75 
 
 		 295 aa  116  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 325 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  32 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 199 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  32.01 
 
 		 322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  40.8 
 
 		 322 aa  112  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2344  AraC family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 247 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3418  AraC family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 247 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  41.92 
 
 		 338 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>