More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_12440 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  100 
 
 		 307 aa  599  1e-170  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  53.11 
 
 		 311 aa  284  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4422  transcriptional regulator, AraC family  39.23 
 
 		 327 aa  187  3e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.465856  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 312 aa  176  5e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4424  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 337 aa  172  5.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.353998  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  38.19 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 342 aa  151  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 214 aa  148  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  31.31 
 
 		 327 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  35.6 
 
 		 319 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  30.59 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 327 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  36.14 
 
 		 335 aa  142  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  32.13 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  33.88 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  34.85 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 318 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 337 aa  136  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  29.55 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  44.07 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  32.14 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  30.72 
 
 		 327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 310 aa  133  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  33.45 
 
 		 324 aa  132  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3213  transcriptional regulator, AraC family  35.28 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  35.41 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  31.48 
 
 		 356 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 		 332 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  33.55 
 
 		 325 aa  129  9.000000000000001e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  33.77 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 318 aa  126  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 325 aa  126  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  32.46 
 
 		 345 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 319 aa  124  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  32.68 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  33.55 
 
 		 321 aa  123  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 309 aa  124  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 320 aa  123  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 348 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 312 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 330 aa  119  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 325 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0389  helix-turn-helix domain-containing protein  32.03 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.813465  normal  0.450006 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  28.34 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 315 aa  118  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  31.44 
 
 		 308 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 325 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 325 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3544  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 318 aa  115  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 305 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 331 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  31.92 
 
 		 309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8401  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 330 aa  113  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 348 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  28.71 
 
 		 329 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 333 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 348 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 311 aa  113  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 		 322 aa  112  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 349 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>