More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4168 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 329 aa  672    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 349 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 349 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 349 aa  266  5e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  44.62 
 
 		 329 aa  265  8e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 318 aa  263  4e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5293  AraC family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 344 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.273034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3471  AraC family transcriptional regulator  46.25 
 
 		 344 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.340628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  43.67 
 
 		 329 aa  261  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  46.53 
 
 		 320 aa  259  6e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  46.53 
 
 		 320 aa  259  6e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  43.97 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5115  AraC family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 333 aa  255  8e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0388343  normal  0.0650522 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  41.16 
 
 		 327 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  40.31 
 
 		 328 aa  242  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1532  AraC family transcriptional regulator  39.54 
 
 		 340 aa  209  4e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.580066  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  35.44 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 333 aa  182  5.0000000000000004e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  36.18 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  33.03 
 
 		 356 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  34.8 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  32.8 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 342 aa  162  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 317 aa  162  8.000000000000001e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  37.33 
 
 		 324 aa  162  8.000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  37.13 
 
 		 359 aa  161  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  162  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 344 aa  161  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 		 325 aa  160  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 335 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 325 aa  159  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  35.86 
 
 		 313 aa  156  4e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 330 aa  152  8e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 337 aa  146  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  31.45 
 
 		 335 aa  142  7e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  31.35 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  31.33 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  29.24 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1134  transcriptional regulator, AraC family  34.66 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.330045  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  32.78 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 311 aa  137  4e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 214 aa  135  8e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  31.95 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  31.88 
 
 		 295 aa  133  3e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  36.97 
 
 		 234 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1900  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00385171  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  28.96 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4383  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 332 aa  129  6e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.433153  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2562  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0914693  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 315 aa  128  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  29.14 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  29.69 
 
 		 345 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  29.64 
 
 		 348 aa  126  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  30.92 
 
 		 301 aa  126  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 306 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 310 aa  125  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2982  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 		 313 aa  121  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  hitchhiker  0.00381419 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3879  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 349 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 345 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 322 aa  119  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  34.77 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 313 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 313 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 313 aa  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 313 aa  116  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>