More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4383 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4383  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  659    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.433153  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 337 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 345 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  39.87 
 
 		 318 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 349 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  38.23 
 
 		 356 aa  202  6e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 344 aa  182  6e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  37.19 
 
 		 334 aa  179  4.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 334 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 334 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 325 aa  175  8e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  35 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  33.23 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  34.97 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  31.03 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 322 aa  149  6e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 329 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  35.25 
 
 		 323 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 329 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  28.48 
 
 		 327 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 297 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  30.94 
 
 		 327 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  35.94 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 311 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 345 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 320 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 327 aa  125  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 320 aa  126  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 320 aa  125  9e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1013  helix-turn-helix domain-containing protein  44.74 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209714 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 330 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 348 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 348 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 359 aa  123  5e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 199 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 348 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  35.1 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  30.03 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  29.52 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  48.8 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1900  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00385171  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 330 aa  112  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  32.36 
 
 		 315 aa  112  8.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 318 aa  112  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 273 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2858  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.113519 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 239 aa  111  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  31.32 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5242  helix-turn-helix domain-containing protein  42.07 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  42.14 
 
 		 234 aa  109  6e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 309 aa  109  7.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 313 aa  109  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 313 aa  109  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 313 aa  109  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  30.35 
 
 		 321 aa  108  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  31.17 
 
 		 307 aa  108  9.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  32.6 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  33.85 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  31.76 
 
 		 308 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 311 aa  106  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1532  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 340 aa  106  6e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.580066  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0423  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 310 aa  106  7e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 276 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4455  transcriptional regulator, AraC family  30.96 
 
 		 319 aa  105  9e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 349 aa  105  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>