More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1407 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 320 aa  637    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 320 aa  637    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3471  AraC family transcriptional regulator  89.97 
 
 		 344 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.340628  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  87.65 
 
 		 349 aa  559  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  86.42 
 
 		 349 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5293  AraC family transcriptional regulator  89.34 
 
 		 344 aa  553  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.273034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  86.11 
 
 		 349 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5115  AraC family transcriptional regulator  87.62 
 
 		 333 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0388343  normal  0.0650522 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  61.39 
 
 		 318 aa  384  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 318 aa  377  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  49.51 
 
 		 328 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1532  AraC family transcriptional regulator  51.29 
 
 		 340 aa  301  9e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.580066  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  46.53 
 
 		 329 aa  258  8e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  38.73 
 
 		 329 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  38.73 
 
 		 329 aa  206  5e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  38.24 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  31.56 
 
 		 327 aa  166  6.9999999999999995e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 312 aa  162  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  34.1 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 344 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  34.42 
 
 		 324 aa  150  3e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  34.19 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  32.91 
 
 		 356 aa  142  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  34.85 
 
 		 325 aa  141  9.999999999999999e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  35.2 
 
 		 359 aa  140  3e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 		 333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 325 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  33.44 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 214 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  34.2 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 311 aa  134  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  32.01 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 331 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  30.99 
 
 		 331 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3213  transcriptional regulator, AraC family  31.92 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1134  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.330045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  33.77 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 332 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 312 aa  126  4.0000000000000003e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 345 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  28.97 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 327 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  34.08 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 315 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  26.92 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 330 aa  124  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 335 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 334 aa  122  5e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 334 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  33.71 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  32.36 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  30.06 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4732  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4422  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 		 327 aa  113  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.465856  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 311 aa  113  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 348 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 348 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2982  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  hitchhiker  0.00381419 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  30.45 
 
 		 324 aa  110  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 234 aa  110  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  29.94 
 
 		 318 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 199 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6188  transcriptional regulator, AraC family  30.52 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.9 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 325 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 327 aa  106  4e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5827  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 356 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 330 aa  106  5e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 325 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  29.64 
 
 		 303 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2593  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  33.73 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>