More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1378 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
304 aa  613  1e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  67.58 
 
 
301 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  66.55 
 
 
301 aa  392  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  67.01 
 
 
299 aa  386  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1450  transcriptional regulator, AraC family  64.86 
 
 
301 aa  375  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.342314 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  39.86 
 
 
312 aa  219  5e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  29.97 
 
 
327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  31.8 
 
 
333 aa  143  3e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 
344 aa  143  4e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 
330 aa  142  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
320 aa  138  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 
325 aa  134  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  32.05 
 
 
329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
359 aa  132  7.999999999999999e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  31.73 
 
 
327 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 
301 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  40.8 
 
 
303 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  37.81 
 
 
234 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  32.55 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  39.89 
 
 
320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 
320 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  30.6 
 
 
356 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 
327 aa  126  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 
334 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  31.31 
 
 
307 aa  125  7e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  41.72 
 
 
199 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 
317 aa  125  9e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 
329 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 
315 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  33.47 
 
 
324 aa  123  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 
349 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 
331 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 
337 aa  122  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  36.64 
 
 
239 aa  122  6e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 
305 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 
305 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  30.34 
 
 
325 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 
334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 
305 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 
335 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 
310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 
318 aa  119  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 
319 aa  119  7.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  28.38 
 
 
323 aa  119  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 
325 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  32.79 
 
 
308 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 
325 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 
311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  28.47 
 
 
329 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  29.04 
 
 
318 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 
297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  35.2 
 
 
314 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 
299 aa  115  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 
275 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  39.19 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  32.09 
 
 
277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  37.84 
 
 
297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 
325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 
325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 
325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  29.28 
 
 
301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  32.43 
 
 
311 aa  113  5e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 
309 aa  113  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  29.92 
 
 
345 aa  112  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  29.22 
 
 
335 aa  113  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 
305 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  33.52 
 
 
328 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 
306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 
304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  27.62 
 
 
322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 
324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  32.07 
 
 
273 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1236  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 
319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000472369  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  40.54 
 
 
279 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 
333 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 
285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 
305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3375  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0121717  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
295 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 
300 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 
285 aa  109  5e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1900  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 
316 aa  109  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00385171  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  27.42 
 
 
308 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4554  transcriptional regulator, AraC family  36.18 
 
 
351 aa  109  7.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 
303 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 
312 aa  108  9.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  39.05 
 
 
307 aa  108  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 
322 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3213  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 
311 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 
295 aa  107  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  36.52 
 
 
345 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 
305 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  28.34 
 
 
330 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 
313 aa  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>