More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1077 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  99.38 
 
 		 320 aa  641    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  646    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  95.61 
 
 		 320 aa  618  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  37.79 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 317 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  37.75 
 
 		 359 aa  180  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 344 aa  178  9e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 345 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  39.55 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  36.28 
 
 		 329 aa  172  5.999999999999999e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  33.44 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  35.43 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  32.3 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 325 aa  160  2e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  35.13 
 
 		 303 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 348 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 348 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 349 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 348 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 312 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 320 aa  152  5.9999999999999996e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2982  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  hitchhiker  0.00381419 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  33.88 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 322 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 		 356 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  29.78 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 327 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 		 331 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  33.86 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 334 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 325 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  33.76 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  32.21 
 
 		 333 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 325 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0851  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 305 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  34.92 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 327 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5293  AraC family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 344 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.273034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  36.09 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1540  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000047582  hitchhiker  0.00155056 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  32.6 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  31.31 
 
 		 308 aa  133  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 313 aa  132  9e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  36.95 
 
 		 234 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 303 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3471  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.340628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  32.9 
 
 		 309 aa  129  8.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 349 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  35.35 
 
 		 301 aa  129  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1450  transcriptional regulator, AraC family  41.86 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.342314 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5115  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0388343  normal  0.0650522 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0389  helix-turn-helix domain-containing protein  32.69 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.813465  normal  0.450006 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  40.7 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1395  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  40.12 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  30.42 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  33.13 
 
 		 324 aa  122  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  28.34 
 
 		 328 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 322 aa  122  8e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 199 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1911  AraC family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 369 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  32.92 
 
 		 335 aa  119  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 214 aa  118  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>