More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1375 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  595  1e-169  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  51 
 
 		 297 aa  273  2.0000000000000002e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  46.69 
 
 		 301 aa  252  5.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  41.2 
 
 		 310 aa  243  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5242  helix-turn-helix domain-containing protein  46.46 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 306 aa  231  2e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1013  helix-turn-helix domain-containing protein  45.73 
 
 		 304 aa  223  4e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209714 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 319 aa  209  6e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0389  helix-turn-helix domain-containing protein  40.8 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.813465  normal  0.450006 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  38.56 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1395  AraC family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 325 aa  192  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 325 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 325 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 322 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0991  transcriptional regulator, AraC family  37.99 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0397421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  36.51 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2813  transcriptional regulator, AraC family  41.53 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 348 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 348 aa  169  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 348 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  35.81 
 
 		 345 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 332 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 310 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  36.74 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  36.36 
 
 		 318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 327 aa  152  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  34.73 
 
 		 333 aa  152  8.999999999999999e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  32.78 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 310 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1040  transcriptional regulator, AraC family  41.2 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 330 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  35.53 
 
 		 335 aa  142  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 344 aa  141  9.999999999999999e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  37.13 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  30.39 
 
 		 327 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 325 aa  139  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  33.54 
 
 		 356 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  35.82 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 325 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  28.9 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 330 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 276 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 337 aa  132  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 312 aa  133  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  33.23 
 
 		 331 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3213  transcriptional regulator, AraC family  35.81 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  31.72 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  34.58 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  36.21 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  33.55 
 
 		 331 aa  129  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  34.24 
 
 		 322 aa  129  8.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2093  helix-turn-helix domain-containing protein  32.23 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 348 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  36.23 
 
 		 273 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3640  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 306 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2272  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.821113  normal  0.340779 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1967  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 304 aa  123  5e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.83417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  31.64 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  33.45 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  32.31 
 
 		 322 aa  120  3e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  30.65 
 
 		 329 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8683  transcriptional regulator, AraC family  35.89 
 
 		 325 aa  118  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  31.99 
 
 		 345 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  33.46 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>