More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1072 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  656    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  63.34 
 
 		 317 aa  423  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 330 aa  176  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 312 aa  142  8e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  29.94 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 349 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 331 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  27.92 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  30.03 
 
 		 313 aa  134  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 335 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  27.76 
 
 		 345 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 312 aa  132  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  25.78 
 
 		 327 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  28.17 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  27.61 
 
 		 328 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 324 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  26.86 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  28.26 
 
 		 329 aa  126  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 301 aa  126  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  29.25 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  25.91 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2982  transcriptional regulator, AraC family  28.81 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  hitchhiker  0.00381419 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 319 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  28.3 
 
 		 335 aa  123  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 329 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  28.39 
 
 		 333 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  26.18 
 
 		 333 aa  119  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 327 aa  119  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 334 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 318 aa  117  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  30.81 
 
 		 305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 327 aa  113  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1900  AraC family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00385171  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4455  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 319 aa  112  6e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  26.38 
 
 		 308 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 325 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2858  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.6 
 
 		 323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.113519 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 214 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  26.16 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  25.15 
 
 		 325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 308 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 348 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 325 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 325 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  24.27 
 
 		 359 aa  106  4e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 318 aa  106  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3390  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 279 aa  106  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0402  transcriptional regulator, AraC family  28.15 
 
 		 311 aa  106  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 307 aa  106  6e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  24.85 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  22.08 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0852  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.48 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.530439  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8401  transcriptional regulator, AraC family  33.16 
 
 		 330 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 320 aa  102  7e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  22.8 
 
 		 325 aa  102  9e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 234 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  25.34 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 349 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 313 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  31.38 
 
 		 279 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4383  AraC family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 332 aa  100  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.433153  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  22.26 
 
 		 303 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 322 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>