More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3390 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3390  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 279 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 306 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 276 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 285 aa  249  3e-65  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 285 aa  248  5e-65  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  44.81 
 
 		 273 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  46.67 
 
 		 277 aa  243  1.9999999999999999e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0117  AraC family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 281 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 300 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 273 aa  228  1e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 295 aa  228  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3375  AraC family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0121717  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1236  AraC family transcriptional regulator  44.2 
 
 		 319 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000472369  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3398  AraC family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 273 aa  225  5.0000000000000005e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.61994  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 275 aa  220  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  40.44 
 
 		 279 aa  215  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 289 aa  205  7e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2151  transcriptional regulator, AraC family  39.57 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2287  transcriptional regulator, AraC family  37.45 
 
 		 284 aa  192  4e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2344  AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 247 aa  192  6e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3418  AraC family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 247 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0453  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 281 aa  175  7e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3499  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 281 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2186  AraC family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0548516  normal  0.0213407 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1249  AraC family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 270 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4732  AraC family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 330 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  39.15 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 320 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 320 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 344 aa  113  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 325 aa  112  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1911  AraC family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 327 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  39.41 
 
 		 297 aa  109  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 		 324 aa  109  6e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  28.35 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 199 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  34.03 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 325 aa  105  6e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 311 aa  105  8e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6337  transcriptional regulator, AraC family  34.36 
 
 		 259 aa  104  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  32.06 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1013  helix-turn-helix domain-containing protein  40.51 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209714 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 349 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 325 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 329 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 319 aa  102  7e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 348 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 325 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2093  helix-turn-helix domain-containing protein  27.56 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  33.15 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  26.71 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  37.2 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  30.46 
 
 		 331 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  29.9 
 
 		 329 aa  99.8  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4179  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 288 aa  99.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 333 aa  99.4  6e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 312 aa  99.4  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 331 aa  99.4  6e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 325 aa  98.6  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 322 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  32.79 
 
 		 328 aa  98.6  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  28.25 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 342 aa  97.8  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 325 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 		 334 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  33.51 
 
 		 359 aa  97.4  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 		 334 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 325 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5242  helix-turn-helix domain-containing protein  38.61 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3640  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 306 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 312 aa  95.1  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  36.51 
 
 		 321 aa  94.7  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0389  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 308 aa  94.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.813465  normal  0.450006 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2272  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 303 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.821113  normal  0.340779 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0337  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 284 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  34.69 
 
 		 338 aa  94  2e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  34.68 
 
 		 301 aa  94  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>