More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3499 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3499  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  567  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0453  AraC family transcriptional regulator  99.64 
 
 		 281 aa  565  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1249  AraC family transcriptional regulator  62.83 
 
 		 270 aa  322  4e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  38.75 
 
 		 273 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3390  AraC family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 279 aa  194  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 285 aa  194  2e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 285 aa  193  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  37.59 
 
 		 279 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 276 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3398  AraC family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 273 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.61994  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  39.49 
 
 		 277 aa  182  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 275 aa  175  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 289 aa  172  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0117  AraC family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 281 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2287  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 284 aa  169  3e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 273 aa  169  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3375  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0121717  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 295 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2151  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 293 aa  159  7e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2186  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 289 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0548516  normal  0.0213407 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1236  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000472369  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2344  AraC family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3418  AraC family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 312 aa  125  5e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 214 aa  122  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 315 aa  122  9e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  28.72 
 
 		 292 aa  119  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1911  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4732  AraC family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1134  transcriptional regulator, AraC family  31.68 
 
 		 329 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.330045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 243 aa  113  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  39.06 
 
 		 327 aa  113  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  36.13 
 
 		 333 aa  112  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  38.8 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  34.08 
 
 		 325 aa  109  6e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 312 aa  108  7.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4179  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 288 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  39.49 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 		 348 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  35.08 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  33.6 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6337  transcriptional regulator, AraC family  33.89 
 
 		 259 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  34.98 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 316 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1540  AraC family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 319 aa  105  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000047582  hitchhiker  0.00155056 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 342 aa  105  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  35.45 
 
 		 329 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 337 aa  105  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 320 aa  105  9e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 309 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5450  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 322 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  37.97 
 
 		 338 aa  103  4e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 		 313 aa  102  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 322 aa  102  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 330 aa  102  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  31.11 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1967  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.83417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8683  transcriptional regulator, AraC family  41.62 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  34.73 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 311 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 325 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  34.02 
 
 		 331 aa  99.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 		 359 aa  99.8  5e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  32.02 
 
 		 345 aa  99.4  5e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  33.51 
 
 		 327 aa  99.4  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 234 aa  99.4  6e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 319 aa  99  7e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  42.4 
 
 		 333 aa  99  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 316 aa  98.6  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1900  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 316 aa  98.6  9e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00385171  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0337  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 284 aa  99  9e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3300  transcriptional regulator, AraC family  27.37 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  36.16 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00265  hypothetical protein  27.37 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 344 aa  98.6  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0320  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0358  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.443979  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3317  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>