More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1639 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 307 aa  622  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1967  transcriptional regulator, AraC family  90.03 
 
 		 304 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.83417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5450  transcriptional regulator, AraC family  59.74 
 
 		 323 aa  353  2e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  58.96 
 
 		 316 aa  345  7e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3879  AraC family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 315 aa  299  3e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2593  AraC family transcriptional regulator  52.24 
 
 		 315 aa  291  6e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0758  AraC family transcriptional regulator  50.97 
 
 		 315 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0690  AraC family transcriptional regulator  49.84 
 
 		 316 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.301677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0667  AraC family transcriptional regulator  49.52 
 
 		 316 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0306  AraC family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0789  AraC family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  41.06 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2562  transcriptional regulator, AraC family  40.32 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0914693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07340  putative transcriptional regulator  41.39 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5355  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 340 aa  175  7e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.924239 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5170  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 318 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.268842 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6295  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 327 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.240387 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3951  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.254801 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3957  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0264307 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4448  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.257775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0337  AraC family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00261  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.71 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3300  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00265  hypothetical protein  28.71 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3317  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0358  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 284 aa  139  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.443979  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0320  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0357  transcriptional regulator, AraC family  28.38 
 
 		 284 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.698953 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7057  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 333 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.24419 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 304 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0729  transcriptional regulator, AraC family protein  30.36 
 
 		 284 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.846206 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 319 aa  129  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0614  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 284 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45205 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 333 aa  129  7.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0674  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0664  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0608  transcriptional regulator, AraC family protein  29.7 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  30.14 
 
 		 327 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 299 aa  125  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  30.82 
 
 		 292 aa  123  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  31.05 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  31.72 
 
 		 359 aa  120  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  28.9 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  29.24 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  30.22 
 
 		 345 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 325 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  27.81 
 
 		 329 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  31.87 
 
 		 356 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 325 aa  109  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  29.97 
 
 		 329 aa  109  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  34.44 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 320 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  35.02 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  31.77 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  32.84 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 322 aa  106  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 325 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 325 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 313 aa  106  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  106  6e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 319 aa  104  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  30.57 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2272  AraC family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.821113  normal  0.340779 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  29.45 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  32.69 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 329 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1395  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.693979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  30.6 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>