More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0667 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_0667  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  621  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0690  AraC family transcriptional regulator  98.73 
 
 		 316 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.301677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3879  AraC family transcriptional regulator  88.54 
 
 		 315 aa  534  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0306  AraC family transcriptional regulator  84.71 
 
 		 315 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0789  AraC family transcriptional regulator  84.71 
 
 		 315 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0758  AraC family transcriptional regulator  85.03 
 
 		 315 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2593  AraC family transcriptional regulator  80.57 
 
 		 315 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1967  transcriptional regulator, AraC family  51.92 
 
 		 304 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.83417  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  49.52 
 
 		 307 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 316 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5450  transcriptional regulator, AraC family  49.84 
 
 		 323 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2562  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0914693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  39.74 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5355  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 340 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.924239 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5170  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.268842 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6295  AraC family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 327 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.240387 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07340  putative transcriptional regulator  39.42 
 
 		 303 aa  158  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3951  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.254801 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3957  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0264307 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 316 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 322 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7057  AraC family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.24419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  32.1 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 333 aa  123  3e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 312 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 318 aa  119  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  34.77 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  28.9 
 
 		 327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0337  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 284 aa  117  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  31.18 
 
 		 292 aa  116  6e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00261  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.22 
 
 		 284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3317  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3300  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00265  hypothetical protein  27.22 
 
 		 284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0358  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 284 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.443979  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 312 aa  115  7.999999999999999e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 309 aa  114  1.0000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0320  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0357  transcriptional regulator, AraC family  26.9 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.698953 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  30.89 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 325 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  30.09 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 344 aa  113  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  32.62 
 
 		 324 aa  112  7.000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 337 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  24.2 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0729  transcriptional regulator, AraC family protein  27.65 
 
 		 284 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.846206 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 330 aa  110  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0104  AraC family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 324 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0674  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0664  AraC family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 284 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0614  AraC family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 284 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45205 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  31.99 
 
 		 359 aa  107  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0608  transcriptional regulator, AraC family protein  27.01 
 
 		 284 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 305 aa  107  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 327 aa  106  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6332  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 319 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4448  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 326 aa  105  8e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.257775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  30.72 
 
 		 329 aa  105  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6509  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2093  helix-turn-helix domain-containing protein  30.25 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6743  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.645545  normal  0.349811 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 334 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 334 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1536  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 359 aa  103  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 334 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 322 aa  103  5e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 308 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 308 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  30.24 
 
 		 327 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  31.18 
 
 		 356 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  31.97 
 
 		 318 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 		 329 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3640  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 305 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 		 313 aa  99.4  8e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 317 aa  99.4  8e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 305 aa  99.4  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2272  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 303 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.821113  normal  0.340779 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 342 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 214 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 331 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1540  AraC family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 319 aa  98.6  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000047582  hitchhiker  0.00155056 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>