More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2272 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2272  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  607  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.821113  normal  0.340779 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2093  helix-turn-helix domain-containing protein  95.05 
 
 		 303 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3640  AraC family transcriptional regulator  92.41 
 
 		 306 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2927  putative transcriptional regulator  67.79 
 
 		 301 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34450  AraC family transcriptional regulator  68.12 
 
 		 301 aa  391  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000710752  normal  0.295536 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0104  AraC family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 324 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5827  AraC family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 356 aa  238  8e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1536  AraC family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 359 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6332  AraC family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 319 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6509  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 319 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6743  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 319 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.645545  normal  0.349811 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  29.58 
 
 		 292 aa  138  8.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 344 aa  122  6e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1900  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00385171  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  33.46 
 
 		 356 aa  119  7.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 348 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  31.56 
 
 		 327 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  33.21 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  31.37 
 
 		 329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  29.22 
 
 		 331 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 277 aa  112  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 329 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  32.22 
 
 		 307 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  31.11 
 
 		 345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  31.99 
 
 		 325 aa  109  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 319 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 325 aa  108  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3951  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.254801 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  27.68 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  29.26 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 299 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  29.64 
 
 		 349 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3116  helix-turn-helix domain-containing protein  30.91 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 333 aa  102  8e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 334 aa  102  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5355  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 340 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.924239 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 359 aa  102  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 		 334 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 342 aa  101  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 275 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 334 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 306 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 289 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 214 aa  100  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07340  putative transcriptional regulator  30.71 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1013  helix-turn-helix domain-containing protein  30.43 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209714 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 335 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 332 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4448  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 326 aa  100  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.257775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5170  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 318 aa  99.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.268842 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 306 aa  99.8  5e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 324 aa  99.4  6e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3375  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 295 aa  99.4  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0121717  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 320 aa  99  8e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 320 aa  99  8e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  28.25 
 
 		 327 aa  99.4  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 325 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0667  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 316 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 325 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 		 322 aa  98.2  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 		 318 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0690  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.301677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2151  transcriptional regulator, AraC family  32.19 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  28.48 
 
 		 329 aa  98.6  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1967  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.83417  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>