More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1900 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1900  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  659    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00385171  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  31.54 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  29.81 
 
 		 329 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 337 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  27.99 
 
 		 327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  27.61 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  29.81 
 
 		 329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0104  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 324 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1536  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 359 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  29.53 
 
 		 345 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  27.54 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5827  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 356 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 342 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  26.63 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  24.33 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  28.98 
 
 		 314 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  29.71 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 324 aa  122  6e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 344 aa  122  7e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  29.78 
 
 		 318 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  27.58 
 
 		 318 aa  122  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2272  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.821113  normal  0.340779 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  23.89 
 
 		 356 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 327 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0991  transcriptional regulator, AraC family  29.97 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0397421  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3640  AraC family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 306 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 312 aa  117  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2093  helix-turn-helix domain-containing protein  24.84 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34450  AraC family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000710752  normal  0.295536 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 349 aa  116  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  26.96 
 
 		 303 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 325 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2927  putative transcriptional regulator  24.92 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  27.59 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  26.83 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 		 334 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  24.78 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5355  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 340 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.924239 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 330 aa  113  5e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 316 aa  113  5e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  26.01 
 
 		 334 aa  112  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 275 aa  110  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 348 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 348 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  28.25 
 
 		 345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 276 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 322 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  27.62 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5170  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.268842 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  27.33 
 
 		 279 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6332  AraC family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  27.61 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6509  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 319 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6743  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 319 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.645545  normal  0.349811 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3957  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 322 aa  105  9e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0264307 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  27.85 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1065  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.261016  normal  0.339627 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 328 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  30.29 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2287  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 284 aa  103  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 335 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0729  transcriptional regulator, AraC family protein  27.3 
 
 		 284 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.846206 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 297 aa  102  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  27.25 
 
 		 333 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1039  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00683379  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1055  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.300458 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 322 aa  101  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 273 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3951  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.254801 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0614  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 284 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45205 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>