More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4609 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 318 aa  649    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  44.24 
 
 		 349 aa  276  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  42.9 
 
 		 356 aa  250  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 335 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  41.19 
 
 		 344 aa  244  9.999999999999999e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  39.43 
 
 		 345 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  42.36 
 
 		 334 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  42.04 
 
 		 334 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 334 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 325 aa  223  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  41.32 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  39.32 
 
 		 325 aa  219  7e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 337 aa  209  6e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  36.76 
 
 		 322 aa  205  8e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4383  AraC family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 332 aa  201  9e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.433153  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 333 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  35.67 
 
 		 333 aa  196  6e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  35.35 
 
 		 327 aa  188  9e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 330 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 320 aa  177  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 312 aa  177  3e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  169  6e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  33.02 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  32.59 
 
 		 325 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  33.23 
 
 		 329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  32.8 
 
 		 329 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 327 aa  162  1e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  33.85 
 
 		 329 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  28.93 
 
 		 327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 304 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  33.44 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  32.48 
 
 		 359 aa  155  1e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 311 aa  153  4e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 330 aa  153  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 313 aa  150  4e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  31.82 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  32.8 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3213  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2858  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.73 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.113519 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 349 aa  142  9e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 311 aa  142  9e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 322 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  31.97 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 327 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  31.79 
 
 		 318 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 		 307 aa  139  6e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1362  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 332 aa  139  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00431533  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0851  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 349 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  30 
 
 		 307 aa  136  5e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 348 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2982  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  hitchhiker  0.00381419 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 214 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0402  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 348 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 348 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0903  transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 331 aa  131  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4455  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5293  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.273034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  43.14 
 
 		 338 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 199 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  31.35 
 
 		 314 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  33.75 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 297 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3471  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 344 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.340628  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>