More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2769 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  617  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 330 aa  192  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 349 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 333 aa  180  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 309 aa  179  2.9999999999999997e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 312 aa  178  8e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  35.37 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  33.78 
 
 		 325 aa  176  3e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  29.64 
 
 		 318 aa  174  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  33.9 
 
 		 324 aa  174  9.999999999999999e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  34.12 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  33.91 
 
 		 359 aa  172  5e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  34.51 
 
 		 327 aa  172  9e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  31.89 
 
 		 345 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 325 aa  168  9e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 325 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 342 aa  166  2.9999999999999998e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  34.11 
 
 		 335 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 317 aa  159  4e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  159  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  31.53 
 
 		 356 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 344 aa  157  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 329 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4017  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  33.1 
 
 		 331 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 327 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 349 aa  149  6e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 322 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  29.9 
 
 		 329 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 320 aa  146  5e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  31.65 
 
 		 318 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  31.96 
 
 		 329 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 305 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 348 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 214 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  32.13 
 
 		 322 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 320 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 334 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 320 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 334 aa  139  7e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2982  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  hitchhiker  0.00381419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 327 aa  136  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 320 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  36.1 
 
 		 234 aa  132  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 		 319 aa  132  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 307 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1967  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.83417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  30 
 
 		 292 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  31.36 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  29.51 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 309 aa  129  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 199 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3213  transcriptional regulator, AraC family  30.55 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0758  AraC family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  27.18 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  32.55 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  27.01 
 
 		 322 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  37.7 
 
 		 239 aa  126  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3879  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 315 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5450  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 323 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  32.91 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0690  AraC family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.301677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  31 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  32.48 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2272  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.821113  normal  0.340779 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0667  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0306  AraC family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0789  AraC family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4383  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.433153  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>