More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3619 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  100 
 
 
292 aa  608  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3616  GGDEF  99.19 
 
 
124 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.142982 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  40.39 
 
 
344 aa  162  7e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  36.39 
 
 
325 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1900  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00385171  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0357  transcriptional regulator, AraC family  33.56 
 
 
284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.698953 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00261  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.22 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3300  transcriptional regulator, AraC family  33.22 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3317  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00265  hypothetical protein  33.22 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0320  AraC family transcriptional regulator  32.87 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0358  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.443979  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0337  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0729  transcriptional regulator, AraC family protein  32.54 
 
 
284 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  0.846206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5827  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 
356 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 
333 aa  142  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0614  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 
284 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.45205 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3640  AraC family transcriptional regulator  29.47 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.456213 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2093  helix-turn-helix domain-containing protein  29.58 
 
 
303 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  33.1 
 
 
359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0674  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 
284 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0608  transcriptional regulator, AraC family protein  32.2 
 
 
284 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0664  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 
284 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34450  AraC family transcriptional regulator  32.99 
 
 
301 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000710752  normal  0.295536 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2927  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 
301 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2272  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 
303 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.821113  normal  0.340779 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 
334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 
334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 
301 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  32.7 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 
337 aa  133  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  36.86 
 
 
334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  31.94 
 
 
327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6509  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6743  AraC family transcriptional regulator  31.86 
 
 
319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.645545  normal  0.349811 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6332  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 
319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  30.35 
 
 
345 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 
311 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 
277 aa  128  9.000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  29.04 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 
303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  31.14 
 
 
349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  28.78 
 
 
273 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 
289 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 
330 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 
319 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  32.21 
 
 
303 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 
307 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  27.81 
 
 
335 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0104  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 
324 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 
342 aa  122  5e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 
316 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 
305 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 
312 aa  121  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0758  AraC family transcriptional regulator  33.09 
 
 
315 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 
299 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 
316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  24.74 
 
 
297 aa  118  9e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1536  AraC family transcriptional regulator  27.3 
 
 
359 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07340  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 
303 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 
323 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 
273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0306  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0789  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3879  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 
315 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
325 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 
285 aa  117  3e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 
305 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 
285 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
276 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  30.95 
 
 
324 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  34.69 
 
 
356 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0667  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 
316 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 
327 aa  116  5e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28970  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 
310 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91786  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0690  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 
316 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.301677  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  31.84 
 
 
307 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  29.71 
 
 
325 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0389  helix-turn-helix domain-containing protein  29.67 
 
 
308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.813465  normal  0.450006 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  31.23 
 
 
331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  32.96 
 
 
295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 
305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  32.87 
 
 
329 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 
297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  37.06 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 
348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  31.38 
 
 
348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 
275 aa  113  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 
279 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 
332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 
318 aa  112  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2186  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 
289 aa  112  5e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0548516  normal  0.0213407 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 
305 aa  112  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 
345 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 
317 aa  112  8.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
325 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>