More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2960 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  627  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  99.27 
 
 		 273 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  87.82 
 
 		 276 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 273 aa  282  5.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0117  AraC family transcriptional regulator  49.26 
 
 		 281 aa  252  6e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3390  AraC family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 279 aa  252  7e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 289 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  43.54 
 
 		 277 aa  239  2.9999999999999997e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 275 aa  239  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 285 aa  239  5e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 285 aa  238  1e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3398  AraC family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 273 aa  231  8.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.61994  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 		 279 aa  225  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2151  transcriptional regulator, AraC family  39.57 
 
 		 293 aa  215  5.9999999999999996e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1236  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 319 aa  203  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000472369  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3375  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 295 aa  202  7e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0121717  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 295 aa  201  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 295 aa  201  9e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 300 aa  201  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 295 aa  201  9e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2287  transcriptional regulator, AraC family  37.09 
 
 		 284 aa  198  7e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0453  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 281 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3499  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 281 aa  176  6e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2344  AraC family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3418  AraC family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 247 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2186  AraC family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 289 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0548516  normal  0.0213407 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1249  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 270 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4732  AraC family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 257 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6337  transcriptional regulator, AraC family  34.85 
 
 		 259 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  29.04 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 243 aa  125  9e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 325 aa  122  7e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  36.07 
 
 		 331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1911  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 344 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 303 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  37.57 
 
 		 309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  34.45 
 
 		 349 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  32.05 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 325 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  31.86 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 330 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 214 aa  114  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  35.2 
 
 		 325 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 309 aa  113  5e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  32.07 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 199 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 327 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 330 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 348 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  35.45 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  34.2 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 323 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 322 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 310 aa  106  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  31.05 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  33.16 
 
 		 324 aa  105  7e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  37.16 
 
 		 305 aa  105  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  33.51 
 
 		 356 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1450  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.342314 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  33.16 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1013  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.209714 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  33.5 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 325 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5827  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 356 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 319 aa  102  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 		 348 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 311 aa  102  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 316 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 313 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 306 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  38.19 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  35.86 
 
 		 338 aa  100  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 334 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 335 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  34.87 
 
 		 334 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  34.87 
 
 		 334 aa  100  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>