More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1249 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1249  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  553  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0453  AraC family transcriptional regulator  62.83 
 
 		 281 aa  331  8e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3499  AraC family transcriptional regulator  62.83 
 
 		 281 aa  330  2e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3398  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 273 aa  201  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.61994  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 276 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  36.26 
 
 		 273 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3390  AraC family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 279 aa  179  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  36.16 
 
 		 279 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  35.69 
 
 		 277 aa  178  7e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 275 aa  178  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 273 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 285 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 285 aa  177  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2287  transcriptional regulator, AraC family  34.18 
 
 		 284 aa  171  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0117  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 281 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2151  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 293 aa  165  9e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3375  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0121717  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1236  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 319 aa  155  7e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000472369  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2344  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 247 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3418  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 247 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2186  AraC family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 289 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0548516  normal  0.0213407 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 214 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3311  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000434384 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  26.95 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6337  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 		 259 aa  113  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4732  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 257 aa  109  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  30.61 
 
 		 348 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 344 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  36.16 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 342 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1156  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 322 aa  105  6e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 331 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  33.52 
 
 		 324 aa  104  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6114  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 322 aa  102  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  31.3 
 
 		 301 aa  102  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 318 aa  102  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5377  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 349 aa  102  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.579005  normal  0.811497 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4179  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 288 aa  102  7e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 318 aa  102  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1911  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3544  transcriptional regulator, AraC family  35.76 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  31.05 
 
 		 349 aa  101  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  35.43 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  34.54 
 
 		 331 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  34.97 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 311 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 312 aa  99.8  5e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5450  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 323 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1540  AraC family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 319 aa  99  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000047582  hitchhiker  0.00155056 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 311 aa  99  8e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  31.09 
 
 		 327 aa  98.6  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  31.96 
 
 		 356 aa  97.8  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 330 aa  98.2  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5827  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 356 aa  98.2  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 330 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 334 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1450  transcriptional regulator, AraC family  34.73 
 
 		 301 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.342314 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  29.67 
 
 		 324 aa  97.8  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  32.43 
 
 		 234 aa  97.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  33.14 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 330 aa  97.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  34.08 
 
 		 313 aa  96.7  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  31.1 
 
 		 327 aa  96.3  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00261  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.66 
 
 		 284 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3300  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 284 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00265  hypothetical protein  27.66 
 
 		 284 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1532  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 340 aa  96.3  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.580066  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3317  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 284 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0664  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 284 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0674  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 284 aa  95.9  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 337 aa  95.9  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1639  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 307 aa  95.5  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470025  normal  0.427706 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0358  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 284 aa  95.5  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.443979  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0337  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 284 aa  95.5  8e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0614  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 284 aa  95.5  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45205 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  35.48 
 
 		 338 aa  95.5  9e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0320  AraC family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 284 aa  95.5  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  33.53 
 
 		 297 aa  95.5  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1375  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0970899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>