More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2035 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  483  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6337  transcriptional regulator, AraC family  41.53 
 
 		 259 aa  169  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4732  AraC family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 257 aa  159  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6701  transcriptional regulator, AraC family  38.29 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2960  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 306 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0210112 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2151  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  40.83 
 
 		 277 aa  122  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3237  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 276 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0744536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2712  helix-turn-helix domain-containing protein  36.27 
 
 		 273 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.741725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2287  transcriptional regulator, AraC family  33.81 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4731  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 289 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.944783  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  44.05 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3390  AraC family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 312 aa  113  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0543  AraC family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 285 aa  112  6e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0588  AraC family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 285 aa  112  6e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1911  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1385  AraC family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 305 aa  109  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4938  AraC family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 305 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3555  AraC family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 273 aa  108  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.152356 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2344  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 247 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3418  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 247 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5293  AraC family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 344 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.273034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3375  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 295 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0121717  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4420  AraC family transcriptional regulator  42.6 
 
 		 325 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.863458  hitchhiker  0.00323313 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0256  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 295 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 295 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 295 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3471  AraC family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 344 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.340628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3398  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 273 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.61994  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 344 aa  107  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  37.78 
 
 		 325 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1236  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000472369  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 349 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  35.48 
 
 		 318 aa  105  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 325 aa  105  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5115  AraC family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 333 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0388343  normal  0.0650522 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 342 aa  105  8e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0117  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 281 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4006  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 330 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0152362  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 349 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 349 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 349 aa  104  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0815  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 275 aa  103  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.224567  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  35.5 
 
 		 304 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  36.69 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  36.76 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  36.76 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  35.76 
 
 		 359 aa  102  5e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  36.69 
 
 		 301 aa  102  5e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  36.61 
 
 		 329 aa  102  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1450  transcriptional regulator, AraC family  35.5 
 
 		 301 aa  101  9e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.342314 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  30.68 
 
 		 328 aa  101  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0661  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 325 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.260355  normal  0.315435 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  36.7 
 
 		 329 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  35.94 
 
 		 329 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5280  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 305 aa  99.4  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3360  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 325 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5007  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 325 aa  99.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.907377 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 214 aa  99  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  33.51 
 
 		 327 aa  99  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2110  AraC family transcriptional regulator  42.94 
 
 		 299 aa  98.6  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0402  AraC family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 303 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  35.47 
 
 		 307 aa  97.1  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  33.51 
 
 		 331 aa  97.1  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 330 aa  97.4  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  43.29 
 
 		 297 aa  97.1  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  33.52 
 
 		 325 aa  96.7  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 199 aa  96.3  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  34.68 
 
 		 323 aa  95.9  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 234 aa  95.9  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  34.55 
 
 		 292 aa  95.1  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  38.59 
 
 		 356 aa  95.1  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  32.4 
 
 		 308 aa  95.1  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0453  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 281 aa  95.1  9e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  32.77 
 
 		 327 aa  95.1  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 335 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  36.67 
 
 		 322 aa  94.7  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1967  transcriptional regulator, AraC family  34.92 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.83417  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  35.2 
 
 		 331 aa  93.6  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 334 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1532  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 340 aa  94  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.580066  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3499  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 281 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  36.52 
 
 		 324 aa  93.2  3e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 303 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 311 aa  92.8  4e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 		 334 aa  92.8  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0389  helix-turn-helix domain-containing protein  39.05 
 
 		 308 aa  91.7  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.813465  normal  0.450006 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>