More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0842 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 318 aa  656    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  88.36 
 
 		 318 aa  585  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3471  AraC family transcriptional regulator  61.56 
 
 		 344 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.340628  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  61.39 
 
 		 320 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  60.58 
 
 		 349 aa  382  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  61.39 
 
 		 320 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5293  AraC family transcriptional regulator  60.91 
 
 		 344 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.273034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5115  AraC family transcriptional regulator  58.99 
 
 		 333 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0388343  normal  0.0650522 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  58.65 
 
 		 349 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  58.65 
 
 		 349 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1532  AraC family transcriptional regulator  49.68 
 
 		 340 aa  295  7e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.580066  normal  0.737753 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  44.81 
 
 		 328 aa  271  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  43.93 
 
 		 329 aa  255  8e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  38.03 
 
 		 329 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  37.99 
 
 		 329 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  34.67 
 
 		 327 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  31.37 
 
 		 327 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 312 aa  159  8e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 344 aa  151  1e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  31.89 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  30.23 
 
 		 307 aa  142  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 359 aa  141  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 325 aa  140  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 312 aa  136  5e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 313 aa  136  6.0000000000000005e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 		 334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  29.01 
 
 		 356 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  27.96 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 330 aa  127  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2206  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.933189  normal  0.0786322 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 214 aa  125  7e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 317 aa  125  8.000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  29.26 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1134  transcriptional regulator, AraC family  30.32 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.330045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.21 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5663  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 333 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3213  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 		 311 aa  123  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 330 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5298  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00273458  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 320 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 335 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  29.54 
 
 		 349 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 319 aa  119  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2606  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 331 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.256524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6195  AraC family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781051 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 331 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1077  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.474805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1077  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1378  transcriptional regulator, AraC family  29.04 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0886  transcriptional regulator, AraC family  29.78 
 
 		 332 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1012  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 345 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4365  helix-turn-helix domain-containing protein  30.36 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.822927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0946  helix-turn-helix domain-containing protein  31.54 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2496  helix-turn-helix domain-containing protein  24.68 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0383135  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  29.67 
 
 		 324 aa  113  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  27.84 
 
 		 345 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 234 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4841  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.579562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 348 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4732  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 257 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0667  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0072  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 322 aa  108  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.783427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  25.25 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2035  AraC family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 243 aa  108  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.854548 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1540  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000047582  hitchhiker  0.00155056 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9089  AraC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 327 aa  107  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3619  histidine kinase  27.87 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.499169  normal  0.14127 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6188  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 304 aa  106  5e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7240  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 199 aa  106  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.321623  normal  0.193055 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2982  transcriptional regulator, AraC family  30.32 
 
 		 313 aa  106  6e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  hitchhiker  0.00381419 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4422  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 327 aa  105  8e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.465856  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1711  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1421  transcriptional regulator, AraC family  36.13 
 
 		 277 aa  104  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 313 aa  103  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6337  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 259 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.40361  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0337  AraC family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 284 aa  103  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0306  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2562  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0914693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0789  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0357  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 284 aa  103  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.698953 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>