More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_4422 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_4422  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
327 aa  637    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.465856  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4424  transcriptional regulator, AraC family  73.83 
 
 
337 aa  404  1.0000000000000001e-112  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.353998  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4545  AraC family transcriptional regulator  47.4 
 
 
311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12440  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  40.19 
 
 
307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4765  AraC family transcriptional regulator  32.45 
 
 
312 aa  149  9e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.485121  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3213  transcriptional regulator, AraC family  37.78 
 
 
311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2206  AraC family transcriptional regulator  36.31 
 
 
317 aa  146  5e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8693  transcriptional regulator, AraC family  36.01 
 
 
313 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3284  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 
327 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2492  transcriptional regulator, AraC family  35.13 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4455  transcriptional regulator, AraC family  35.95 
 
 
319 aa  133  5e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1816  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 
333 aa  130  4.0000000000000003e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100464 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3075  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 
317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6608  AraC family transcriptional regulator  34.77 
 
 
330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4277  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 
315 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.421015 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5103  helix-turn-helix domain-containing protein  32.79 
 
 
307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2376  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 
342 aa  126  6e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.912933  normal  0.295563 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1588  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 
325 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2777  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
325 aa  125  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7382  transcriptional regulator AraC family  31.97 
 
 
329 aa  123  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2609  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 
313 aa  122  6e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.263375  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7080  AraC family transcriptional regulator  29.8 
 
 
306 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269096  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1477  AraC family transcriptional regulator  40.99 
 
 
214 aa  122  9.999999999999999e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.698473  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2897  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.825187  normal  0.500009 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5186  putative AraC-like transcription regulator  31.75 
 
 
335 aa  120  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6348  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 
301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  44.94 
 
 
338 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2055  helix-turn-helix domain-containing protein  32.5 
 
 
345 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.580001 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5085  transcriptional regulator, AraC family  31.35 
 
 
323 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0266874  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7194  transcriptional regulator, AraC family  33.55 
 
 
319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9341  AraC-type DNA-binding domain-containing protein- like protein  34.42 
 
 
309 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.455721  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4709  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 
327 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.954804  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0254  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 
311 aa  117  3e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.215368  normal  0.68568 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2515  transcriptional regulator, AraC family  36.57 
 
 
295 aa  116  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0607329  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4609  transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 
318 aa  116  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6076  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 
349 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.132925 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1449  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 
320 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.380314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1407  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 
320 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.51399  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1769  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 
305 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.158961  normal  0.542492 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3528  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 
312 aa  115  8.999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.733506 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6761  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 
310 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.844239 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1608  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
334 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.889742  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7171  AraC family transcriptional regulator  32.41 
 
 
335 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7590  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 
310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1684  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
334 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.943057  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2439  transcriptional regulator, AraC family  33.95 
 
 
325 aa  112  6e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000241537 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1175  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 
322 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.253072 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2267  AraC family transcriptional regulator  35.95 
 
 
334 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0311911  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3354  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 
234 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000174628 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6183  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 
306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.531587 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1052  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2685  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1108  helix-turn-helix domain-containing protein  32.17 
 
 
324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.18334  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1254  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 
308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3848  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 
333 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0846255  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6578  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 
308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15650  hypothetical protein  29.58 
 
 
318 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000726726  hitchhiker  5.71915e-19 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1362  transcriptional regulator, AraC family  34.63 
 
 
332 aa  109  7.000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00431533  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  27.15 
 
 
329 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3961  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 
349 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0742642 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2564  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 
349 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.972599 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2267  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 
309 aa  107  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0404948  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3559  AraC family transcriptional regulator  31.05 
 
 
349 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0402  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 
311 aa  107  3e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1604  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 
316 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4375  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 
348 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  34.23 
 
 
356 aa  107  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3991  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 
348 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0842  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 
318 aa  106  4e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2354  AraC family transcriptional regulator  28.03 
 
 
318 aa  106  5e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0793456  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1005  helix-turn-helix domain-containing protein  29.17 
 
 
327 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3471  AraC family transcriptional regulator  31.99 
 
 
344 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.340628  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5736  transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 
315 aa  106  6e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.756773 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8401  transcriptional regulator, AraC family  49.02 
 
 
330 aa  106  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3544  transcriptional regulator, AraC family  32.9 
 
 
318 aa  105  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.545256 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3533  AraC family transcriptional regulator  31.83 
 
 
348 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5293  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 
344 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.273034  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4522  AraC family transcriptional regulator  32.19 
 
 
344 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.601642  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1072  AraC family transcriptional regulator  24.5 
 
 
316 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0532513  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5115  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 
333 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0388343  normal  0.0650522 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  33.1 
 
 
324 aa  104  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2982  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 
313 aa  103  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.425859  hitchhiker  0.00381419 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1005  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 
337 aa  103  3e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.829176  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2858  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.73 
 
 
323 aa  103  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.113519 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2769  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 
297 aa  103  4e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424718 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5532  AraC family transcriptional regulator  41.61 
 
 
313 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.501091 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5151  AraC family transcriptional regulator  41.61 
 
 
313 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5240  AraC family transcriptional regulator  41.61 
 
 
313 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.183417  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2971  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
330 aa  103  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.785867  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0903  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 
328 aa  102  7e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  26.39 
 
 
328 aa  102  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1659  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 
348 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.278996 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4447  transcriptional regulator, AraC family  34.11 
 
 
297 aa  102  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000015359  hitchhiker  0.00108803 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3301  transcriptional regulator, AraC family  32.88 
 
 
331 aa  102  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.688791  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3366  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 
309 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.608408  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0292  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 
359 aa  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.693657  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0889  transcriptional regulator, AraC family  39.41 
 
 
239 aa  101  2e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1516  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 
321 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.194429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2479  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 
303 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2108  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 
320 aa  99.8  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.965322 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1617  AraC family transcriptional regulator  25.72 
 
 
304 aa  99  9e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.583151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>